جايگاه تاكسونوميكي دو جدايه ايراني ويروس موزاييك نيشكر بر اساس تعيين ترادف نوكليوتيدي ناحيه ʹʹ3- ژنوم

Taxonomic position of two Iranian isolates of Sugarcane mosaic virus (SCMV) based on sequence of the 3ʹʹ-region of the genome

دو جدايه ايراني ويروس موزاييك نيشكر (Sugarcane mosaic virus, SCMV) به نام‌هاي KhzL66 و KhzQ86 از مزارع نيشكر شركت كشت و توسعه نيشكر و صنايع جانبي آن در خوزستان جمع‌آوري و با استفاده از آغازگرهاي دژنره پوتي ويروس ها يا اختصاصي SCMV، ناحيه ʹ3 ژنوم آنها به روش RT-PCR تكثير و همسانه سازي گرديد. قطعات پس از تعيين ترادف با هم جمع شدند و ترادف قطعه‌اي به طول 1815 نوكليوتيد بدست آمد كه شامل قسمتي از ژن NIb، كل CP و 3ʹ-UTR بود. ناحيه CP-UTR از اين دو جدايه همراه با ساير جدايه‌هاي SCMV موجود در GenBank با برنامه هاي MegAlign (DNASTAR) و CLUSTAL X آناليز شد. اين جدايه‌ها با تعدادي از ترادف‌هاي پوتي‌ويروس‌هاي ديگر شامل ويروس موزاييك كوتولگي ذرت (Maize dwarf mosaic virus, MDMV)، ويروس موزاييك سورگوم (Sorghum mosaic virus, SrMV)، ويروس موزاييك قياق (Johnson grass mosaic virus, JGMV)، ويروس موزاييك ايراني قياق (Iranian Johnson grass mosaic virus, IJMV) و ويروس موزاييك زآ (Zea mosaic virus, ZeMV) موجود در GenBank مقايسه و پس از انجام همرديف سازي چندگانه درخت فيلوژنتيكي آنها با روش Neighbor-joining ترسيم گرديد. در آناليز فيلوژنتيكي 41 ترادف در 5 گروه شامل MDMV، JGMV، IJMV و ZeMV ، SrMV و دو زير گروه SCMV (زيرگروه I و (II قرار گرفتند. در اين آناليز قرار گرفتن جدايه هاي SCMV از ايران در كنار جدايه‌هاي مصر و آفريقاي جنوبي در زيرگروه I اين احتمال را به وجود مي‌آورد كه استرين‌هاي ايراني منشا خارجي داشته و با قلمه به كشور وارد شده باشند.

Sugarcane mosaic virus (SCMV) is a widespread cereal potyvirus in the world. Two SCMV isolates, KhzL66 and KhzQ86, from sugarcane plantation in Khuzistan were subjected to RT-PCR using potyviral degenerate and specific primers. Amplified segments were cloned and sequenced. The resulting sequences were assembled to yield segments of 1815 nt which included 3´-region of NIb gene, CP gene and 3´-UTR. Comparisons were made between these two isolates and a number of other cereal potyviruses available in GenBank using MegAlign (DNASTAR) and CLUSTAL X based on alignment of CP-UTR region. Maize dwarf mosaic virus (MDMV), Sorghum mosaic virus (SrMV), Johnson grass mosaic virus (JGMV), Iranian Johnson grass mosaic virus (IJMV) and Zea mosaic virus (ZeMV) were included in multiple alignment. Phylogenetic tree was constructed by Neighbor-joining majority- rule method. In phylogenetic analysis 41 sequences were differentiated into 7 groups (viruses): MDMV, SrMV, JGMV, IJMV, ZeMV and SCMV with two major subgroups I and II. Iranian isolates of SCMV were grouped with isolates of Egypt and South Africa in a subclade in group I. It is speculated that the Iranian isolates have been introduced into this country with sugarcane cuttings.