به كار گيري روش High Resolution Melting در شناسايي چند شكلي هاي نوكليوتيدي ژرم لاين ژن STK11 در مبتلايان به انواع سرطان هاي دستگاه گوارش

سابقه و هدف: آناليز HRM (High Resolution Melting) تكنيكي است كه ميزان كاهش فلورسنت را در طي فرايند شيب حرارتي ذوب DNA در اثر خروج رنگ اندازه گيري مي نمايد. ژن STK11 يكي از پروتيين هاي خانواده سرين- تريونين كيناز سلولي را رمز مي نمايد كه تنظيم كننده قطبيت سلولي بوده و هم چنين به عنوان پروتيين مهار كننده تومور عمل مي نمايد. موتاسيون هاي ژرم لاين در اين ژن همراه با سندروم Peutz-Jeghers واستعداد ابتلا به انواع نيوپلازي ها مي باشند. روش بررسي: در اين مطالعه تجربي، DNA ژنومي از 56 بيمار مبتلا به انواع سرطان هاي دستگاه گوارش استخراج گرديد. سپس ما تغيرات نوكليوتيدي را در تمام طول ژن با استفاده از تكنيك Real-time PCR و High(HRM) resolution melting بررسي نموديم. يافته ها: غربالگري نوكليوتيدي با تكنيك HRM دو نوع SNP در اينترون هاي 6 و 7 در 10 بيمار را نشان داد. 4 بيمارداراي تغيير نوكليوتيدي C/T [cluster id/dsSNP/rs9282860] در اينترون 6 به صورت هموزيگوس و شش بيمار داراي تغيير نوكليوتيدي C/G [cluster id/dsSNP/rs2075607] در اينترون 7 بصورت هتروزيگوس بودند. همچنين مقايسه نتايج HRM با نتايج تعيين توالي يك مطابقت 100 درصدي را نشان داد. نتيجه گيري: هر چند در اين مطالعه موتاسيوني در بخش اگزون ژن مشاهده نگرديد، به هر حال نتايج اين مطالعه نشان مي دهد غربالگري اوليه ژن STK11هم براي شناسايي تغييرات نوكليوتيدي ناشناخته ژرم لاين و هم سوماتيك در مبتلايان به نيوپلازي به منظور تشخيص علت بيماري از طريق روش HRM به سهولت و با هزينه نسبتا اندك قابل اجرا مي باشد

Background: High Resolution Melting (HRM) is a method that analyzes genetic variations such as Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) in PCR amplicons. The STK11 gene encodes a member of the serine/threonine kinase and regulates cell polarity and function as a tumor suppressor gene. The germ-line mutations in this gene are associated with Peutz-Jeghers syndrome. The patients with this syndrome are prone to some types of neoplasm. Materials and methods: In this experimental study, genomic DNA was extracted from the whole blood samples of 56 patients with various gastrointestinal cancers. The nucleotide changes in the entire STK11 gene were analyzed by Real-time PCR and H RM technique. Results: The nucleotide screening by HRM technique showed two types of SNPs in introns 6 and 7 of STK11 gene in 10 patients. Four patients had C / T substitution [cluster id/dsSNP/rs9282860] with homozygous genotype in intron 6, and six patients showed a C/G substitution [cluster id/dsSNP/rs2075607] with heterozygous genotype in intron 7. The direct sequencing of the fragments confirmed that the results obtained by HRM were 100% reliable. Conclusion: In this study we found no SNP in exons of STK11 gene. However, two SNPs were found in the introns of this gene. Our results show that the primary screening of the STK11gene by the HRM technique is easily applicable to detect the unknown germ line and somatic mutations in patients with neoplasia at a relatively low cost.