واريانت هاي جديد ويروييد شماره سه مركبات استان فارس

Novel Variants of Citrus Viroid-III in Fars Province

ويروييد شماره سه مركبات (Citrus viroid-III= CVd-III) دامنه ميزباني محدودي داشته و علايم اختصاصي در بالنگ اتراگ ايجاد مي كند كه شامل ايجاد چين و چروك در دمبرگ، قهوه اي شدن و خميدگي برگ، پژمردگي و كجي برگ به خاطر نكروز نقطه اي رگبرگ مياني مي باشد. ويروييد شماره سه مركبات باعث كاهش معني دار قطر تنه درختان پيوندي والنسيا و پايه نارنج سه برگچه اي و حجم سايه انداز درختان آلوده مي گردد. در اين مطالعه، تعدادي نمونه بدون علايم مشخص از باغ هاي مركبات استان فارس از نظر وجود ويروييد، مورد بررسي قرار گرفتند. پس از استخراج آر. ان. اي. از گياه، به وسيله واكنش زنجيره اي پليمراز با نسخه برداري معكوس، همسانه سازي و تعيين توالي ژنوم كامل، ويروييدهاي موجود در نمونه هاي آلوده بررسي گرديدند. در ادامه از نظر مولكولي (تركيب نوكليوتيدي، ساختمان اوليه و ثانويه، وزن مولكولي، روابط فيلوژنتيكي و درصد تشابه نوكليوتيدي)، مقايسه اي بين واريانت هاي موجود انجام گرفت. در اين مطالعه سه واريانت جديد CVd-III (واريانت هاي شماره 1، 2 و 3) از باغ هاي مركبات استان فارس رديابي گرديد. از نظر ترادف نوكليوتيدي، تشابه CVd-III-2 و CVd-III-3 بسيار زياد (99%) است ولي اين دو واريانت فقط 93% با CVd-III-1 شباهت دارند. گروه بندي فيلوژنتيكي نيز نشان داد كه CVd-III-2 و CVd-III-3 به همراه CVd-III-11 (گزارش شده از فلسطين اشغالي) و CVd-III-12(گزارش شده از ايالات متحده آمريكا) در يك گروه و CVd-III-1 به همراه CVd-III-a در گروه ديگري قرار مي گيرند كه امر تفاوت در منشا تكامل واريانت هاي موجود در استان فارس را نشان مي دهد.

Citrus viroid-III (CVd-III) has narrow host range and induces specific symptoms on Etrog citron consist of petiole wrinkle and browning plus leaf twist, leaf droop and bent leaf induced by point necroses of the mid vein. Citrus Viroid-III causes significant reduction of the trunk cross section in Valencia scion and trifoliate rootstock, and the canopy volume of infected trees. In this study a number of citrus trees with or without symptoms were sampled and subjected to RNA extraction followed by RT-PCR, cloning and sequencing of PCR products. Molecular properties (nucleotide composition, primary and secondary structures, molecular weights, phylogenetic relationships and percent nucleotide similarity) of viroid variants were compared. Three novel variants of CVd-III (1, 2 and 3) from Fars were selected and used for comparison with a number of other CVd-III sequences from GenBank. CVd-III-2 had 99 % sequence homology to CVd-III-3 but these two variants had only 93% homology with CVd-III-1. It was shown that on the basis of homology, CVd-III isolates from Fars province clustered in different groups.