تجزيه و تحليل ژنتيكي و فيلوژنتيكي ناحيه D-Loopاز DNA ميتوكندري پلنگ ايراني

Genetic and phylogenetic analysis of D-Loop in Persian Leopard

پلنگ ايراني(Panthera pardus saxicolor) بزررگترين زير گونه پلنگ در دنيا محسوب مي شود. اما با توجه به كاهش شديد جمعيت و انقراض آن در برخي مناطق، توجه بيشتر به اين زير گونه خصوصا از ديدگاه ژنتيك حفاظتي داراي اهميت زيادي مي باشد. هدف از اين مطالعه، بررسي ژنتيكي و فيلوژنتيكي توالي نوكليوتيدي ناحيه D-Loop ازDNA ميتوكندري پلنگ ايراني بود. براي انجام اين تحقيق تعداد 6 نمونه بيولوژيك كه شامل استخوان و پوست بود از پارك ملي تندوره استان خراسان رضوي طي سالهاي 1387 تا 1390 جمع آوري شد. پس از استخراج DNA تكثير قطعه 800 جفت بازي از ناحيه D-Loop ميتوكندري با استفاده از واكنش زنجيره اي پليمراز و پرايمرهاي عمومي L15926 وH16498 براساس روش استاندارد انجام گرديد. توالي يابي ناحيه تكثير شده با استفاده از دستگاه خودكار ABI 3130 به روش اتوماتيك سانگر صورت گرفت و به منظور تعيين فاصله ژنتيكي با توالي هاي حاصل از مطالعات ديگر، مورد مقايسه قرار گرفتند. نتايج نشان داد كه در بين توالي هاي نوكليوتيدي نمونه هاي مورد مطالعه، تفاوت هاپلوتايپي وجود نداشت. همچنين نتايج آزمون فيلوژنتيكي با استفاده از روش Neighbor-Joining نشان داد كه پلنگ ايراني در گروه P. pardus قرار مي گيرد و از لحاظ هاپلوتايپي مشابه زير گونه saxicolor مي باشد.

Persian leopard (Panthera pardus saxicolor) is the largest P. pardus subspecies in the world. But according to the sharp decline and extinction of populations in some areas, more attention to this subspecies in aspect of genetic conservation is of utmost importance. The goal of this study was to genetic and phylogenetic analysis of D-Loop region in Persian Leopard. Six biological samples of leopard bone and skin were prepared from Tandooreh National Park in Khorasan Razavi province from 2008 to 2011. After DNA extraction, 800bp fragment of the mitochondrial D-Loop was amplified with universal primers, L15926 and H16498 under polymerase chain reaction. Amplified fragments were sequenced with ABI 3130 automated machine under Sanger method. After editing the sequences, the results were compared with sequences from other studies to determine the genetic distances. Variations were not observed in the nucleotide sequences obtained in this study. Using the Neighbor-Joining phylogenetic test results showed that the Persian leopard is in group of P. pardus and its haplotype is the same with saxicolor.