بررسي ويروس ابلقي ميخك (CarMV) و آناليز ژنومي يك جدايه ايراني اين ويروس (FUM2)

Genome Analyses of Carnation Mottle Virus Iranian Isolate (FUM2)

طي فصلهاي زمستان و بهار سالهاي 1386 و 1387، از گلخانه‌هاي اطراف مشهد و چناران تعداد 450 نمونه از گياهان ميخك كه برگهاي آنها داراي علايم رنگ‌پريدگي، ابلقي و بدشكلي بود، جمع‌آوري شد. با استفاده از آزمون ساندويچ دو طرفه الايزا نمونه‌هاي آلوده مشخص گرديد.RNA ي كل گياه با استفاده از محلول RNXTM (-Plus) از نمونه‌هاي جمع آوري شده استخراج گرديد. كيت AccuPowerR RT Pre Mix Kit به همراه پرايمر اختصاصي برگشت هر دو قطعه مورد هدف جهت ساخت رشته cDNAي ويروسي به‌كار رفت. واكنش PCR نيز با استفاده از كيت AccupowerR PCR PreMix انجام شد. واكنش RT-PCR دو قطعه از ژنوم ويروس را به اندازه‌هاي تقريبي bp 1037 و bp 676 تكثير كرد كه جهت تعيين توالي محصولات PCR؛ مورد استفاده قرارگرفتند. توالي نوكليوتيدي 3 ژن از قطعه bp 676 جدايه FUM2 با توالي نوكليوتيدي 23 جدايه از ساير نقاط دنيا با كمك نرم‌افزارBioEdit و در ClustalW2 مقايسه و درخت فيلوژنتيكي رسم شد. تجزيه و تحليل فيلوژنتيكي جدايه ايراني FUM2 در مقايسه با جدايه‌هاي موجود در بانك ژن نشان داد كه جدايه مذكور در گروه I و در زير گروه IA قرار مي‌گيرد.

During the winter and spring of 2007 and 2008, 450 samples (leaves of carnation plants) showing symptoms of yellowing, mottling, leaf malformation, and stunting were collected from greenhouses in Mashhad and Chenaran regions. The samples were tested by DAS-ELISA for the presence of CarMV. Total RNA was extracted by RNXTM (-Plus) solution from positive infected samples confirmed in DAS-ELISA tests. AccuPowerR RT Pre Mix Kit was used for synthesis of cDNA with reverse specific primer according to two segments of genome. PCR amplification of cDNA was carried out using AccupowerR PCR PreMix. RT-PCR assay amplified two DNA fragments approximately 1037bp and 676 bp using. PCR products directly sequenced. The nucleotide sequence identity was also compared with different isolates of the world. The determined sequences of FUM2 isolate of CarMV were compared which previously reported 23 CarMV isolates, using Bioedit software and ClastalW2. A Neighbor-joining method of MEGA 3.1 was applied to construct unrooted trees for 3 genes (p7, p9 and partial p38). Analysis of the phylogenetic tree showed that our isolate is in group I and subgroup A.