تعيين ترادف نوكليوتيدي و بررسي علايم دو جدايه جديد ويروس موزاييك هندوانه از استان‌هاي خراسان رضوي و شمالي

Nucleotide Sequencing and Symptomology of Two New Isolates of Watermelonmosaic virus from Razavi and Northern Khorasan Provinces

طي سال‌هاي 1388-1389، تعداد 323 نمونه با علايمي از قبيل موزاييك، بدشكلي، تاولي برگ ، رگبرگ نواري و زردي از مزارع مختلف كدوييان و گلخانه هاي خيار استان‌هاي خراسان رضوي و شمالي جمع آوري شد. با استفاده از آزمون DAS-ELISA آلودگي 95 نمونه به ويروس موزاييك هندوانه ( (WMVتاييد شد. واكنش RT-PCR با استفاده از يك جفت آغازگر اختصاصي از ناحيه ژن پروتيين پوشششي منجر به تكثير قطعه اي در حدود 822 جفت باز در نمونه هاي الايزا مثبت شد. محصول PCR مربوط به دو جدايه از كدو (شيروان) و خربزه (طرقبه-شانديز) تعيين توالي شدند. ترادف‌هاي بدست آمده پس از هم‌رديف سازي چندگانه با برنامه ClustalW2 با برخي از توالي هاي موجود در بانك ژن مقايسه گرديدند. جهت تعيين جايگاه تكاملي و رسم دندروگرام تبارزايي اين جدايه ها از روش Neighbor-joining نرم افزار Mega 4.0استفاده گرديد. آناليز فيلوژنتيكي جدايه هاي تعيين ترادف شده نشان داد كه اين دو جدايه با ساير جدايه هاي ويروس موزاييك هندوانه بين 92 و 99 درصد در سطح نوكليوتيدي و بين 96 و100 درصد در سطح اسيد آمينه اي مشابهت دارند. تشابه توالي نوكليوتيدي و اسيدهاي آمينه اين دو جدايه با يكديگر به ترتيب 1/99 و 6/99 درصد تعيين گرديد. علايم دو جدايه روي برخي از گياهان محك از جمله Cucumis sativus، C. melo var. reticulatus، Cucurbita pepo وCitrullus lanatus كمي متفاوت بود. طبق نتايج اين بررسي جدايه هاي تعيين ترادف شده داراي شباهت بالايي با ساير جدايه هاي گزارش شده WMV در نقاط مختلف ايران مي باشند.

During 2008-2009, 323 samples showing mosaic, yellowing, vein banding, leaf malformation and blistering were collected from different Cucurbitaceous plant fields and cucumber greenhouses in Razavi and Northern Khorasan provinces. Through doing DAS-ELISA, 95 samples showed infection with WMV. WMV in samples testing positive by ELISA was confirmed by RT-PCR. RT-PCR assay with specific primers corresponding to the virus coat protein gene led to the amplification of the expected DNA fragment with a length of approximately 822 bp. PCR product from two isolates from Zucchini squash (Shirvan) and melon (Torghabe-Shandiz) were sequenced. The sequenced fragments after multiple alignments using ClustalW2 program compared with other GeneBank isolates. Phylogenetic tree was drawn using Neighbor-joining method of MEGA4.1 program. Phylogenetic analysis showed that Iranian isolates of WMV with 92-99 % nucleotide sequence identity and 96-100% amino acid identity with other isolates of WMV. The nucleotide and amino acid sequence homologies of 2 isolates were found to be 99.1% and 99.6%, respectively. The two new isolates were not similar in symptoms on some indicator plants including Cucumis sativus, C. melo var. reticulates, Cucurbita pepo and Citrullus lanatus. These results showed that the two new isolates have high homology with isolates of WMV that previously reported from Iran.