شناسايي، آناليز توالي مربوط به ژن پروتيين ريبوزومي SA گاوميش رودخانه اي ايران و مقايسه آن با چند گونه ديگر

Identification, sequence analysis of ribosomal protein SA in Iranian water buffalo and comparison with some other species

مقايسه دقيق ژنوم پستانداران نياز به لوكوس هايي دارد كه در طول كروموزوم ها بصورت محفوظ موجود باشند. يكي از ژن هايي كه مشخص شده داراي توالي محفوظي است، ژن پروتيين ريبوزومي SA مي باشد. هدف از اين تحقيق شناسايي توالي ژن پروتيين ريبوزومي SA در گاوميش ايران با استفاده از كلون كردن قطعات مربوط به نشانگر RAPD مي-باشد. در ابتدا تعداد 80 نمونه خون از جمعيت هاي مختلف گاوميش ايران اخذ گرديد. پس از استخراج DNA، تكثير پرايمرهاي RAPD تحت شرايط بهينه انجام و قطعاتي كه در نمونه هاي مختلف تكرار پذير بودند، انتخاب گرديد. پس از خالص سازي قطعات، عمليات كلونينگ شامل اتصال قطعات به داخل حامل pDrive و انتقال به داخل باكتري DH5? انجام شد و پس از تعيين توالي، توالي ها ويرايش و توسط نرم افزار NCBI-BLASTN آناليز شد. نتايج نشان داد كه يكي از قطعات مربوط به پرايمر RP1(5ʹGGGACGTCTC3ʹ) شباهت زيادي با توالي نوكليوتيدي پروتيين ريبوزومي SA در گونه هاي مختلف دارد. توالي قطعه مورد نظر در گاوميش با گاو، خوك، اسب، سگ ، انسان، شمپانزه، بابون و ميمون Rhesus در نرم افزار ClustalW هم تراز و سپس درخت فيلوژنيك آن رسم گرديد. نتايج نشان داد كه شباهت توالي بدست آمده با قطعه مشابه در گاو، خوك، اسب، شمپانزه، بابون، سگ ، انسان و ميمون Rhesus بترتيب به ميزان 93%، 61%، 60%، 62%، 62%، 62%، 62% و 60% مي باشد. توالي اين ژن در بانك جهاني ژن با شماره دسترسي GQ452383 ثبت گرديد. نتايج اين مطالعه همچنين امكان گسترش نقشه ژنومي گاوميش را فراهم كرد.

Precise comparisons of mammalian gene maps require loci as landmarks for conserved chromosomal segments. One of the conserved genes is ribosomal protein SA. In this study, a part of ribosomal protein SA to genome river buffalo was detected by cloning of RAPD fragments for the first time. Blood samples of eighty individuals from different populations of Iranian water buffalo were taken and following DNA extraction, PCR was optimized for RAPD primers. Fragments which defined stable in different samples were selected and purified. RAPD-PCR fragments were ligated into pDrive TA cloning vector and transformed into DH5? competent cells. Sequencing was performed and edited, and then they were analyzed by NCBI-BLASTN program. BLAST results showed that one of fragments which related to RP1 (5ʹGGGACGTCTC3ʹ) has high similarity with ribosomal protein SA gene. The sequence aligned with the same sequences of cattle, pig, horse, chimpanzee, baboon, canis familiaris, human and Rhesus monkey by Clustal W software and then phylogeny tree was constructed. Results showed that the homology of this sequence with the same sequence in cattle, pig, horse, chimpanzee, baboon, canis familiaris, human and Rhesus monkey were 93%, 61%,60%, 62%, 62%, 62%, 62%, and 60%, respectively. The GenBank accession number of this sequence is GQ452383, the results of this study extended the water buffaloʹs physical map.