مقايسه روش هاي مختلف استخراج DNA به منظور مطالعه مولكولي انگل هاي فاسيولا

Comparison of different DNA extraction methods for molecular study of Fasciola parasites

فاسيولوزيس يكي از مهم ترين بيماري هاي انگلي مشترك بين انسان و دام مي باشد كه به لحاظ مشكلات بهداشتي و خسارات اقتصادي فراوان، در مناطق مختلف دنيا مورد توجه قرار دارد. با توجه به شيوع فاسيولوزيس، انجام مطالعات مختلف از جمله مطالعات مولكولي بر روي انگل هاي فاسيولا داراي اهميت فراواني است. هدف از اين تحقيق دستيابي به روش مناسب استخراج DNA از انگل هاي فاسيولا به منظور انجام مطالعات مولكولي مي باشد. پس از جمع آوري انگل هاي فاسيولا، پنج روش مختلف استخراج DNA شامل فنل كلروفرم، Chelex، CTAB، Ish-Horowicz و كيت مورد استفاده قرار گرفتند. به منظور ارزيابي روش هاي مذكور، كيفيت و كميّت DNA حاصل از هر روش با توجه به OD، غلظت DNA و بازدهي PCR مورد بررسي قرار گرفتند. طبق نتايج حاصله در اين مطالعه بيشترين غلظت DNA با استفاده از روش Ish-Horowicz، بهترين كيفيت DNA و بازدهي PCR با استفاده از كيت به دست آمد. روش هاي Chelex، CTAB و فنل كلروفرم در مقايسه با روش Ish-Horowicz كمترين غلظت DNA و نسبت به كيت كمترين كيفيت DNA و بازدهي PCR را داشتند. در اثر استفاده از روش Ish-Horowicz به لحاظ كميت DNA بيشتري از انگل هاي فاسيولا در مقايسه با ساير روش ها حاصل مي شود اما وقت گير بودن روش، آلودگي و كيفيت پايين DNA و در نتيجه بازدهي پايين PCR مي تواند از معايب اين روش باشد. علي رغم اينكه مقدار DNA حاصله در اثر استفاده از كيت نسبت به روش Ish-Horowicz كمتر مي باشد اما كيفيت بالاي DNA، آلودگي پايين، سريع تر بودن و بازدهي مناسب تر PCR در استفاده از كيت نسبت به ساير روش ها از مزاياي استفاده از كيت مي باشد.

Fasciolosis is an important parasitic disease common among humans and livestock. It is considered as a health problem and causes great economic losses in several regions of the world. Considering the prevalence of fascioliasis, study on molecular aspect of the parasite is so much important. The present study was carried out to achieve a suitable method of DNA extraction from Fasciola for further molecular study.After collection of Fasciola, five different DNA extraction methods, including phenol chloroform, Chelex, CTAB, Ish-Horowicz and kit were evaluated. In this evaluation, the quality and quantity of DNA obtained from each method considering OD, DNA concentration and PCR efficiency were investigated. The results indicated that, the highest concentration of DNA, and efficiency of PCR were obtained by using Ish-Horowicz, and the kit respectively. Chelex, CTAB and phenol chloroform methods in comparison with Ish-Horowicz had lower concentration of DNA and the lower PCR efficiency.The method of Ish-Horowicz showed higher DNA quantity in comparison with other methods. But in term of time consuming, DNA contamination and quality and efficiency of PCR is not so favorite method.