مقايسه تكنيك PCRوكيت API-20E با روش تست هاي روتين بيوشيميايي در تشخيص سالمونلا

The comparison of PCR technique and API-20E kit with the conventional biomedical methods for the identification of Salmonella species in laboratory

چكيده زمينه و هدف : سالمونلا يكي از عوامل مهم عفونت هاي روده اي و اسهال مي باشد و عدم تشخيص صحيح باكتري ممكن است سبب شكست در درمان شود. هدف از اين مطالعه بررسي و مقايسه PCR وكيت API-20E با تست هاي روتين بيوشيميايي در تشخيص انواع سالمونلا ها مي باشد. روش بررسي:در اين تحقيق 470 نمونه كودك مبتلا به گاستروآنتريت حاد از 3 بيمارستان دانشگاهي امام، شريعتي و مركز طبي كودكان در شهر تهران، جهت تشخيص سالمونلا، به آزمايشگاه ميكروب شناسي دانشكده بهداست انتقال يافت. براي ارزيابي نتايج كشت روتين بيمارستانهاي فوق، نمونه ها احيا و خالص سازي شد و از كيت API-20E براي شناسايي باكتري استفاده شد ، همچنين بعد از استخراج DNA با روش جوشاندن ، از روش PCR استفاده شد. براي مقايسه نتايج از تست مك نمار استفاده گرديد. الگوي مقاومت آنتي بيوتيكي تمام ايزوله هاي سالمونلا به روش ديسك ديفيوژن و طبق دستورالعمل Clinical and laboratory standard institute(CLSI) مورد بررسي قرار گرفت. يافته ها: براساس نتايج ارايه شده از مراكز درماني از 470 نمونه مورد بررسي 65 نمونه (8/13%) داراي سالمونلا بودند، در حاليكه در ارزيابي با روش كشت و كيت API-20E در بخش ميكروب شناسي دانشكده بهداشت و روش PCR فراواني موارد مثبت به ترتيب 37 نمونه (9/7%) و 39 نمونه (3/8%) براورد گرديد. تفاوت مشاهده شده در شناسايي سالمونلا با روش هاي روتين بيمارستاني با نتايج كيت API و PCR از نظر آماري معني داري مي باشد(P < 0.05). نتايج بررسي مقاومت آنتي بيوتيكي روي 37 ايزوله سالمونلا از نمونه هاي اسهال نشان داده كه 3/73% ايزوله ها حداقل به يكي از 16 آنتي بيوتيك مورد بررسي مقاومت نشان دادند. تمامي ايزوله ها به نيتروفورانتويين مقاوم بوده و همگي آنها نسبت به سفالوسپورين هاي نسل سوم حساسيت نشان دادند. نتيجه گيري : نتايج نشان داد اختلاف معني داري ميان يافته هاي كشت و تعيين هويت در بيمارستان و نتايج تشخيص سالمونلا با روش كيت API-20E و PCR وجود دارد. واژه هاي كليدي : سالمونلا، تشخيص،روش سنتي، روش مولكولي، كيت API-20.

Abstract Background and objectives: Salmonella is one of the most important agents of gastrointestinal infection and diarrhea in our country. Misdiagnosis of these bacteria leads to treatment failure. The aim of this study was to make a comparison between PCR and the API-20E and conventional biochemical tests carried out for the identification of Salmonella. Material and Methods: In this study, 470 specimens were taken from children, with acute gastroenteritis, referred to teaching hospitals called Imam, Shariati and children medical centre. The specimens were transferred to microbiology laboratory in public health school for identification of Salmonella with PCR and API-20E methods. Results: Of 470 specimens, 65(13.8%) are positive for salmonella in hospital laboratory, while 37 (7.9%) for API-20E and 39 (8.3%) for PCR are positive. The results of antibiotic sensitivity tests on 39 salmonella isolated from diarrhea specimens show that 73.3% of them are resistance to at least one of the sixteen antibiotics tested. Conclusion: Based on the the results, there is significant difference (P < 0.05) between conventional method, API-20E and PCR Key words: Salmonella, conventional identification, molecular identification