عنوان مقاله :
آناليز فيلوژنتيك ژن C 3 ويروس تب برفكي جداشده در ايران در سال 1389
عنوان فرعي :
Phylogenetic analysis of the 3C gene of type O foot-and-mouth disease virus field isolate Iran/1/2010
پديد آورندگان :
الشوكاني ، عبد الروف نويسنده دانشجوي دكتري تخصصي ژنتيك و اصلاح دام، گروه علوم دامي، دانشكده كشاورزي، دانشكاه فردوسي مشهد گروه علوم دامي، دانشكده كشاورزي و دامپزشكي، دانشگاه ذمار Al-shawkany, A , نصيري، محمد رضا نويسنده دانشيار گروه علوم دامي، دانشكده كشاورزي و پژوهشكده فناوري زيستي، دانشگاه فردوسي مشهد Nasiri, M R , زيبايي، سعيد نويسنده استاديار موسسه تحقيقات واكسن وسرم سازي رازي، شعبه شمال شرق (مشهد مقدس) Zibaei, S , طهمورث پور، مجتبي نويسنده Tahmoorespoor, M , زيارت نيا، سيد مهدي نويسنده استاديار پژوهشكده علوم و صنايع غذايي، مشهد Ziaratnia, S M , فتحي نجفي، محسن نويسنده موسسه واكسن و سرم سازي رازي مشهد, , , حق پرست، علي نويسنده ,
اطلاعات موجودي :
فصلنامه سال 1390 شماره 93
كليدواژه :
Serotype O , ايران , سروتيپ O , 3C gene , foot-and-mouth disease virus , Iran , ژن C 3 , ويروس تب برفكي , بررسي فيلوژنتيك , Phylogenetic analysis
چكيده فارسي :
در اين مطالعه ابتدا توالي نوكليوتيدي و اسيد آمينه ژن C 3 ويروس تب برفكي سروتيپ O ايران جدا شده در سال 1389 تعيين و سپس با توالي ژن C 3 ديگر سويه‌هاي سروتيپ O، A، Asia1 و C اين ويروس كه در بانك ژن ثبت شده‌اند، مقايسه گرديد. بيشترين ميزان شباهت توالي نوكليوتيدي با دو سويه سروتيپ A هندوستان شاملAIND288/07 و AIND360/00 به ترتيب با 74/93 و 58/93 درصد و سويه سروتيپ O ايران (IRN 303-1) با 11/93 درصد مشاهده شد، در حالي كه كم‌ترين ميزان شباهت با سويه‌هاي سروتيپ A) GAM/5/98/A) و(O (BKF/2/92/O غرب آفريقا به ترتيب با 01/87 و 11/88 درصد مشاهده گرديد. بررسي توالي اسيدهاي آمينه نيز نشان داد كه ژن C 3 مورد مطالعه داراي بيشترين شباهت با سويه سروتيپ A هندوستان (IND 287/96) با 100 درصد و سپس با سويه سروتيپ O ايران (IRN 303-1) با 56/99 درصد بود و كم‌ترين شباهت را با سويه سروتيپ A غرب آفريقا (GAM/5/98/A) با 96/92 درصد داشت. بررسي‌هاي فيلوژنتيك نشان داد كه دو سويه ايراني
(Iran/1/2010 و IRN 303-1) در يك خوشه با سويه‌هاي سروتيپ A هندوستان قرار گرفتند، هرچند كه دو سويه جدا شده از ايران در نهايت در دو شاخه مجزا از هم جدا شدند. همه سويه‌هاي مربوط به يك سروتيپ خاص در خوشه‌هاي مختلف قرار گرفته و يك خوشه مجزا براي يك سروتيپ خاص مشاهده نشده است. بنابراين احتمالاً اين ژن بين سرتيپ‌هاي مختلف محافظت شده بوده و تغييرات ممكن است ناشي از نوتركيبي تصادفي در بين سروتيپ‌ها باشد. توالي ژن C 3 سروتيپ O شيوع يافته در ايران در سال 1389 در بانك ژن با شماره HQ663880 ثبت گرديد.
چكيده لاتين :
The nucleotide and amino acid sequences of 3C gene of foot and mouth disease virus (FMDV) serotype O collected from an outbreak in Iran in 2010 was determined and compared with corresponding nucleotide sequences of FMDV serotypes O, A, Asia 1 and C registered in GenBank. Phylogenetic analysis revealed that our isolate was most closely related to Indian type A strains AIND288/07, AIND360/00 and Iranian type O strain IRN 303-1 sharing 93.72, 93.58 and 93.11% nucleotide sequence identity, respectively. In contrast, the isolate showed low identity with western African type A strain GAM/5/98/A (88.01%) and type O strain BKF/2/92/O (88.11%). Analysis of the deduced amino acid sequence of our strain also indicated the highest identity with Indian type A strain IND 287/96 (100%) and Iranian type O strain IRN 303-1 (99.52%), and the least similarity with GAM/5/98/A (92.69). Two Iranian strains Iran/1/2010 and IRN 303-1 were grouped with Indian type A strains within the same cluster, although they fell into two separate branches. Strains of a specific serotype were grouped in different clusters; demonstrating conservation of 3C gene among different serotypes with random recombination resulting in minor changes. 3C sequences of the isolate determined in this study was submitted to GenBank, under accession number HQ663879.
عنوان نشريه :
علوم دامي (پژوهش و سازندگي)
عنوان نشريه :
علوم دامي (پژوهش و سازندگي)
اطلاعات موجودي :
فصلنامه با شماره پیاپی 93 سال 1390
كلمات كليدي :
#تست#آزمون###امتحان
