شناسايي عامل لكه برگي پامچال در استان مازندران با استفاده از توالي ژن‌هاي rpoD و dnak

IDENTIFICATION OF THE CAUSAL AGENT OF LEAF SPOT OF PRIMULA BY DNAK AND RPOD GENE SEQUENCES IN MAZANDARAN

بيماري لكه برگي ناشي از گونه‌اي زانتوموناس در پامچال وحشي (Primula vulgaris) در چند منطقه جنگلي استان مازندران گزارش شده است (Rahimian. 1995. 12th Iran. Plant Protec. Cong.,278). براساس يك بررسي ژنومي از تعيين توالي ناحيه ITS و ژن 16s rRNA گزارش گرديد كه برخي از جدايه‌هاي عامل لكه برگي پامچال نزديك به گونه X.campestris مي‌باشند (Rahimian et al. 2008. 18th Iran. Plant Protec. Cong.,420)، ولي اطلاع دقيقي از موقعيت تاكسونوميكي اين جدايه‌ها در دسترس نيست. بررسي حاضر به منظور ارزيابي موقعيت تاكسونوميكي جدايه هاي به‌دست آمده از چند منطقه جنگلي استان مازندران انجام گرفت. ازكشت نمونه‌هاي پامچال داراي علايم لكه برگي، جدايه‌هايي با كلني هاي محدب زرد رنگ و لعابدار روي محيطNAS به‌دست‌آمد. واكنش فوق حساسيت پس از تزريق سوسپانسيون باكتري به برگ‌هاي شمعداني بعد از 24 ساعت و بيماري‌زايي روي برگ‌هاي پامچال پس از 7 تا 14 روز به اثبات رسيد. نقوش الكتروفورزي پروتيين‌هاي سلولي اختلاف چنداني ميان جدايه‌ها نشان نداد. از نظر ويژگي هاي فنوتيپي جدايه ها بسيار شبيه هم بوده و فقط در مصرف اسيد سيتريك به عنوان منبع كربن اختلاف نشان دادند. DNA ژنومي جدايه‌ها استخراج و با به‌كارگيري آغازگرهاي dnakو rpoD قطعاتي از اين دو ژن با PCR در شرايط توصيه شده پاركينسون و همكاران (Parkinson et al. 2007. Int. J. Syst. Evol. MicrobioI. 57:2881-2887) ولي با كاهش دماي مرحله اتصال (Annealing) تكثير شد. محصول PCR در ژل آگارز 1% الكتروفورز و ژل در محلول ژل رد (gel red) رنگ‌آميزي شد. به‌ترتيب دو قطعه 965 و736 bp از ژن‌هاي dnakو rpoD تكثير گرديد. به منظور امكان تفكيك محصولPCR جدايه‌ها از يكديگر هضم محصول حاصل از تكثير ژن‌هاي dnak و rpoD با آنزيم BamHIصورت گرفت. از ضريب تشابه جاكارد براي تعيين تشابه جدايه ها و از روش UPGAMAو نرم‌افزار NTSYS براي آناليز خوشه اي استفاده شد. نمونه هاي انتخاب شده براساس نتايج RFLP، توالي‌يابي شد. توالي نوكليوتيدي به‌دست آمده، پس از همرديف‌سازي چندگانه (Multiple sequence alignment) با برنامه MEGA4 با ساير توالي‌هاي مربوط به اين ناحيه در گونه‌هاي مختلف Xanthomonas موجود در ژن بانك (NCBI) مقايسه شدند. نتايج به‌دست آمده نشان داد جدايه‌ها در سطح تشابه 98% با گونه Xanthomonas hortorum شباهت داشته و احتمالاً به پاتوار گزارش نشده‌اي از اين گونه تعلق دارند. اين اولين گزارش از جدايه‌هايي از گونه X.hortorum به عنوان عامل بيماري لكه برگي در پامچال است.

A leaf spot disease caused by strains of Xanthomonas in wild primrose (Primula vulgaris) were reported in several forest locations of Mazandaran (Rahimian. 1995. 12th Iran. Plant Protec. Cong. P. 278). Based on a genomic study of ITS area and 16S rRNA gene sequencing, it was reported that some isolates causing leaf spot of P. vulgaris probably belong to X. campestris (Rahimian et al. 2008. 18th Iran. Plant Protec. Cong. P. 420). but there is insufficient information available on the taxonomical status of these isolates. The present study wase performed to evaluate the taxonomic position of the isolates obtained from several forest areas of Mazandaran province. Yellow-pigmented? round and convex Xanthomonas-like colonies were isolated from the diseased plants. Hypersensitive reaction(HR) after 24 hours injection of bacterial suspension to geranium leaves and pathogenicity on P. vulgaris leaves after 7 to 14 days were proven. Only slight differences were observed among the electrophoretic pattern of cell proteins of the strains. Strains were very similar phenotypically and differed mainly in utilization citrate as carbon soure for growth. Genomic DNA of isolates was extracted and PCR was done under previously described conditions (Parkinson et al. 2007. Int. J. Syst. Evol. MicrobioI. 57:2881-2887) reducing the annealing temperature. Products were electrophoresed in %1 gel and the gel was stained with gel red solution. Using dnak and rpoD primers fragments 965 and 736 bp in size? were amplified in PCR? respectively. For differentiation of the isolates? the PCR products were digested with BamHI and electrophoresed on acrylamid gel. Dendrograms were constructed using the data sets obtained after digestion of dnak and rpoD amplified fragments with the restriction enzyme, using the Jaccard coefficient, the UPGMA algorithm and the NTSYS-PC program. Selected samples were sequenced based on RFLP results. The nucleotide sequence obtained? after multiple sequence alignment? were compared? with MEGA version 4.0? with other sequences to various Xanthomonas species present in the Gene Bank(NCBI). Results? showed that isolates resembled? at 98% similarity? with strains of Xanthomonas hortorum deposited in GeneBank? but probably belong to a pathovar distinct from the existing ones in this spesies. This is the first report of Xanthomonas hortorum causing a leaf spot disease on Primula .