مطالعه ساختار ژنتيكي اسب هاي بومي ايران با استفاده از توالي D-loop ژنوم ميتوكندري

A Study of the Genetic Structure of Iranian Native Horses Using Mitochondrial DNA Sequence

در اين مطالعه، به منظور آگاهي از ساختار ژنتيكي اسب هاي بومي ايران در مقايسه با نمونه هاي خارجي، نمونه هاي خون از 95 راس اسب از جمعيت هاي متعدد نقاط مختلف كشور و 114 توالي D-loop ميتوكندري از بانك اطلاعات ژنوم بدست آمد. DNA كليه نمونه هاي بومي با استفاده از روش شستشوي نمكي استخراج شده و بعنوان الگو براي تكثير و تعيين توالي ناحيه D-loop ژنوم ميتوكندري بكار برده شدند. با آناليز توالي قطعه 247 جفت بازي ناحيه D-loop ژنوم ميتوكندري در نمونه هاي فوق، 44 هاپلوتيپ به همراه 39 جايگاه متغير مشخص شد. در درخت فيلوژني ترسيم شده براي اين هاپلوتيپ ها به همراه توالي هاي بدست آمده از بانك اطلاعات ژنوم شش هاپلوگروه (A تا F) تشخيص داده شد. مقدار تنوع نوكليوتيدي كل براي اسب هاي بومي ايران 009/0±028/0 بدست آمد. مقادير شاخص تثبيت با استفاده از روش Kimura-2 parameter داراي دامنه اي بين 001/0- الي 172/0 بودند. آناليز واريانس مولكولي نشان داد كه برخي از اين جمعيت ها، بخصوص نمونه هاي اسب سيستاني، با ساير جمعيت هاي مورد مطالعه و همچنين با توالي هاي بدست آمده از بانك اطلاعات ژنوم قرابت ژنتيكي دارند (05/0 > P). بين دو جمعيت عرب و تركمن بدليل عدم كنترل تلاقي هاي اين دو جمعيت تفاوت معني دار مشاهده نشد (05/0P > ). دو جمعيت اسب كرد و اسبچه خزر با ساير جمعيت هاي مورد مطالعه و با توالي هاي بدست آمده از بانك اطلاعات ژنوم تفاوت معني دار نشان دادند (05/0 > P). به طوركلي نتايج بدست آمده در اين مطالعه نشان دهنده تنوع ژنتيكي بالا و وجود شباهت ژنتيكي در برخي از جمعيت هاي مورد مطالعه مي باشند. با توجه به اين نتايج لزوم وجود كنترل تلاقي هاي جمعيت ها و كنترل توليد نتاج در جمعيت هاي اسب بومي كشور احساس مي شود.

To finding out the genetic structure of Iranian native horses, as animal blood samples were obtained from diverse areas of Iran, in addition, 114 sequences of equine D-loop region were obtained from GenBank. Total DNA of the samples were extracted through salting out procedure and utilized as template for amplification and sequencing of the D-loop region of mtDNA. Sequence analysis of the 247-bp D-loop region of mtDNA in all samples revealed a total of 44 haplotypes with 39 polymorphic sites. Six haplogroups (A–F) were identified in the phylogenic tree drowned for these haplotypes and sequences from GenBank. Total nucleotide diversity was obtained with in the range of 0.028 ± 0.009 in Iranian native horses. Fixation index values, employing Kimura-2 parameter method ranged from -0.001 to 0.172. Analysis of Molecular Variance (AMOVA) identified that some of these populations, especially Sistani horses, bear a genetic similarity with other populations and also with sequences from the GenBank (P > 0.05). Arab and Turkman horse populations displayed non-significant difference (P > 0.05), which may reflect the uncontrolled crossing between these two breeds. Caspian and Kurd horse populations showed significant differences with other populations and sequences from the GenBank (P > 0.05). The results of the current study indicate a high genetic diversity and as well as genetic similarity in some populations. According to the dateained results it is necessary to control the crosses between the animals populations and the production of progenies in Iranian native horses.