بررسي ميزان كارآيي روش Real-Time PCR با استفاده از دو راهكار رسم منحني استاندارد و رگرسيون خطي

Evaluation of Real-Time PCR Efficiency by the Use of Two Strategies: Standard Curve and Linear Regression

: آناليز كمّيmRNA با استفاده از Real-Time PCR به وسيله روش سايبرگرين به طور وسيعي در مطالعات بيولوژيك كاربرد بسياري پيدا كرده است. هدف اين تحقيق مقايسه كارآييPCR محاسبه شده با استفاده از دو روش شيب خط نمودار استاندارد و نرم افزارLinRegPCR جهت تعيين استراتژي بهتر براي محاسبه كارآيي PCR مي باشد. روش بررسي: در اين پژوهش پس از خون گيري و استخراج RNA و سنتز cDNA فرآيند qRT-PCR انجام شد. سپس محاسبه PCR Efficiency به دو روش رسم منحني استاندارد و همچنين با استفاده از نرم افزارLinReg PCR انجام گرفت و در نهايت اين دو روش آناليز با هم مقايسه شدند. يافته ها: ميزان كارآيي PCR محاسبه شده براي سه ژن GAPDH، TGF Bو IL-10 با روش منحني استاندارد به ترتيب 99/1، 81/1 و 87/1 و همچنين با روش استفاده از نرم افزار رايانه اي LinReg PCR كارآيي اين سه ژن به ترتيب 98/1، 82/1 و82/1 به دست آمد. نتيجه گيري: نتايج اين تحقيق نشان مي دهد كه در آناليز داده هاي حاصل از تكثير cDNA ميزان كارآييPCR به دست آمده براي سه ژن GAPDH، TGF B و IL-10با دو روش مختلف منحني استاندارد و LineRegPCR نتايج تقريباً يكساني حاصل مي شود. بنابراين، توصيه مي شود كه به جاي روش پرهزينه منحني استاندارد از نرم افزار LinReg PCR استفاده گردد.

Background and Objective: The detection of nucleic acids using Real-Time CPR has many application .Quantitative analysis of mRNA using Real-Time PCR by Relative and Absolute methods. Widely used in biological studies. The purpose of this study was to compare the Relative and calculated PCR Efficiency by standard curve and LinRegPCR methods. Subject and Methods: After sampling and extraction of RNA and cDNA synthesis,the quantitative RT-PCR was performed, then the PCR Efficiency was calculated by Using the two methods of standard curve and LinRegPCR. At the end the results of the two methods were compared and analyzed. Results: The efficiency of PCR for the GAPDH, TGF-B and IL-10 genes with the standard curve method were 1.99, 1.81 and 1.87, respectively. The PCR efficiency of these three genes were 1.98, 1.82 and 1.82 by using LinRegPCR software method, respectively. Conclusion: The analysis of the data obtained from PCR proliferation of cDNA of the three genes, GAPDH, TGF B and IL-10 showed no statistical difference between standard curve and LineRegPCR methods. Therefore, it is recommended to use the LinRegPCR software method instead of the expensive standard curve method.