تعيين توالي و بررسي فيلوژنتيك ژن NP در ويروس آنفلوانزاي پرندگان تحت تيپ H9N2

Sequencing and phylogenetic analysis of nucleoprotein gene from an avian influenza virus subtype H9N2 isolated from Ahwaz

بيماري آنفلوانزاي پرندگان ناشي از ويروس‌هاي H9N2 يكي از بيماري‌هاي مهم طيور صنعتي در ايران و بسياري از مناطق ديگر آسيا مي‌باشد. جهت آگاهي از خصوصيات ژنتيكي و ارتباط فيلوژنتيكي ويروس‌هاي H9N2 در شهر اهواز، توالي نوكليوتيدي ژن نوكليوپروتيين (NP) در جدايه‌اي از ويروس آنفلوانزاي پرندگان (A/Chicken/Iran/Ahwaz-1/06)، جدا شده از يك واحد پرورش مرغ گوشتي در حومه اين شهر تعيين و مورد بررسي قرار گرفت. بدين منظور، ناحيه كد كننده ژن NP با آزمايش RT-PCR تكثير و پس از كلونينگ در پلاسميد pMal-C2 تعيين توالي گرديد. توالي نوكليوتيدي ژن NP در جدايه مورد مطالعه در مقايسه با 24 توالي ديگر اين ژن كه از بانك ژن استخراج شدند، مورد بررسي و مطالعه فيلوژنتيكي قرار گرفت. بر اساس توالي ژن NP، جدايه اهواز بيشترين شباهت (3/94 درصد) را با ويروس شاخص زير گروه ژنتيكي G1 نشان داد و همراه با جدايه‌هاي اخير كشور پاكستان در شاخه‌اي از اين زيرگروه قرار گرفت. در مقابل، شباهت جدايه A/Chicken/Iran/Ahwaz-1/06 با جدايه سال 1999 ايران (A/Chicken/Iran/11T/99)، 4/86 درصد بود و اين دو ويروس در دو زير گروه ژنتيكي مجزا جاي گرفتند. با توجه به مطالعه حاضر مي‌توان نتيجه‌گيري نمود كه ويروس‌هاي H9N2 از زمان ورود به ايران دچار تحول ژنتيكي شده‌اند، يا شايد تاكنون زيرگروه‌هاي مختلفي از اين ويروس به ايران وارد شده‌اند.

Avian influenza caused by H9N2 viruses is an important disease of industrial chickens in Iran and many other parts of Asia. To understand the genetic features and phylogenetic relationship of H9N2 viruses present in Ahwaz, the nucleotide sequence of nucleoprotein gene (NP) was determined from an avian influenza virus (A/Chicken/Iran/Ahwaz-1/06) isolated from a broiler flock in Ahwaz suburb. Therefore, the coding region of the gene was amplified by RT-PCR and sequenced after cloning in to pMal-C2 vector. Nucleotide sequence analysis and phylogenetic studies were performed by comparing NP gene of this isolate with twenty four counterpart sequences retrieved from the GenBank. Based on the NP gene sequence, Ahwaz isolate had the highest percentage of homology (94.3%) with the representative virus of G1 sublineage and placed in a distinct branch of the sublineage, together with the recent isolates of Pakistan. In contrast, homology of the isolate A/Chicken/Iran/Ahwaz-1/06 with a 1999 Iranian isolate (A/Chicken/Iran/11T/99) was 86.4% and these two viruses assigned in two separate genetic sublineages. According to present study, it can be concluded that H9N2 viruses have been evolved genetically since entering to Iran or other possibility is different sublineages of the virus have entered to the country so far.