فراواني و تعيين ترادف سه جدايه ويروس واي سيب‌زميني از مزارع توتون و مقايسه فيلوژنتيكي با ساير جدايه هاي دنيا *‌

SEQUENCING OF THREE ISOLATES AND PREVALENCE OF POTATO VIRUS Y IN TOBACCO FIELDS OF GOLESTAN PROVINCE, IRAN AND PHYLOGENETIC COMPARISON OF THE IRANIAN AND WORLD ISOLATES OF THE VIRUS

براي تعيين فراواني ويروس واي سيب زميني (Potato virus Y, PVY) در تابستان 1389 تعداد 182 نمونه داراي علايم از مزارع توتون استان گلستان جمع‌آوري و با آزمون DAS-ELISA با آنتي سرم چند همسانه اي مورد بررسي قرار گرفت. تعداد 90 نمونه آلوده به PVY تشخيص داده شدند. آر ان اي سه جدايه ويروس با استفاده از كيت RNX-Plus استخراج و با يك جفت آغازگر اختصاصي PVY مربوط به ناحيه CP، در واكنش RT-PCR تكثير شد. نمونه هاي آلوده به PVY پس از الكتروفورز در ژل آگاروز در محدوده bp1000 مورد انتظار، ايجاد باند نمودند. محصول PCR به‌طور مستقيم ترادف‌يابي شد و ترادف هاي به‌دست آمده به طول850 نوكليوتيد همراه با 30 ترادف انتخاب شده از GenBank مقايسه شدند. همرديف‌سازي چندگانه و آناليز فيلوژنتيك با ClustalX و BLAST در نرم افزار BioEdit انجام و درخت فيلوژنتيكي به روش maximum parsimony ترسيم گرديد. آناليز فيلوژنتيك نشان داد كه جدايه هاي علي‌آباد و فاضل‌آباد از ايران همراه با جدايه هاي اسپانيا، ايتاليا و بوشهر در يك گروه و جدايه مينودشت همراه با جدايه هاي هلند، بريتانيا و تايوان در گروه ديگر قرار مي‌گيرند.

To determine the prevalence of Potato virus Y (PVY) in tobacco fields of Golestan province, a total of 182 samples showing virus type symptoms PVY infection in collected samples was assessed using a polyclonal antiserum in DAS-ELISA test. Of all collected samples 90 were infected by PVY. Viral RNA was extracted using RNX-Plus kit. The extracted RNA was reverse transcribed using oligo dT primer to create the respective cDNA, wich was amplified by PCR using a PVY-specific primer pair designed on CP region. After verification on 1% agarose gel in electrophoresis, the expected band of ~1000 bp size was amplified. PCR products were directly sequenced and the sequences of about 850 nucleotides were aligned with 30 sequences of the GenBank. Multiple alignment and phylogenetic analyses were performed by ClustalX and BLAST programs in BioEdit software and phylogenetic dendrogram was produced using maximum parsimony method. The results showed that all PVY sequences can be placed into 4 groups. Aliabad and Fazelabad isolates were grouped with isolates from Italy, Spain and Boushehr, while Minoodasht isolate was grouped with isolates from the Netherlands, United Kingdom and Taiwan.