شناسايي، همسانه سازي و تحليل ساختار ژن تيوردوكسين (VvTrxh10)h جدا شده از بافت حبه انگور ( Vitis vinifera L.) رقم ياقوتي

Identification and Cloning of a Thioredoxin h (VvTrxh10) Gene Isolated from Grape (Vitis vinifera L.) cv. Yaquti Berry Tissue

جهت بررسي ساختار ژن تيوردوكسين، RNA كل از بافت حبه انگور (Vitis vinifera L.) رقم ياقوتي استخراج و با استفاده از روش واكنش زنجيره اي پليمراز نسخه برداري معكوس(RT-PCR) ، كتابخانه cDNA تهيه گرديد. سپس ژن تيوردوكسين h تحت عنوان VvTrxh10 سنتز، جداسازي و در ناقل پلاسميدي pUC19 همسانه سازي شد. نتايج توالي يابي نشان داد كه قطعه همسانه سازي شده از ژن تيوردوكسين h حاوي يك چارچوب قرايت آزاد منفرد به طولbp 345 بوده و پروتييني با 114 اسيد آمينه را كد مي كند. بررسي ترجمه پروتييني توالي رمز كننده نشان داد كه اين ژن حاوي جايگاه فعال غير معمولRCGLC ، اسيد آمينه تريپتوفان ويژه W و يك موتيف ساختاري درگير در انتقال سلول به سلول در انتهاي آمينوي (MAEE) خود مي باشد. بررسي فيلوژنتيكي و نيز همرديف سازي چندگانه نشان داد كه اين آيزوفرم متعلق به زيرگروه I از تيوردوكسين هاي h است. علاوه بر آن، توالي پروتييني پيش بيني شده، شباهت زياد آن را با ژن تيوردوكسين h ساير گياهان در بانك ژن NCBI نشان داد.

Abstract Total RNA was extracted from grape (Vitis vinifera L.) cv. Yaquti berry tissue to characterize a thioredoxin h gene (VvTrxh10). A cDNA library was synthesized using reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Then, the VvTrxh10 gene was amplified, isolated and cloned in a pUC19 vector plasmid. Nucleotide sequence analysis revealed that the cloned cDNA expressed thioredoxin and contained a single open reading frame of 345 bp encoding a protein of 114 amino acid residues. Predicted protein sequence analysis showed that this gene contains a nongeneral catalic site RCGLC, characteristic tryptophan (W) and potential structural motif involving cell-to-cell taransfer (MAEE) in N-terminal. Phylogenetic and alignment studies revealed that such isoform belongs to the subgroup I from h thioredoxins group. Moreovere, relevant predicted protein exhibited a high similarity with the other plant thioredoxins h gene in the NCBI gene bank.