كلونينگ ژن PapG اشريشياكلي يوروپاتوژن و بررسي تنوع توالي آن

PapG Gene cloning, Escherichia coli uropathogen and examination of its subsequence diversity

زمينه: اشريشياكلي يوروپاتوژن، پاتوژن غالب در عفونت‌هاي ادراري مي‌باشد. عفونت‌هاي دستگاه ادراري، يكي از شايع‌ترين عفونت‎هاي انساني مي‌باشد. با وجود آنتي‌ژن‌ها و توكسين‌هاي مختلف باكتري‌هاي دخالت كننده در ايجاد عفونت، يكي از عوامل مهم در عفونت‌هاي ناشي از اشريشياكلي و ساير باكتري‌هاي گرم منفي، چسبيدن باكتري به سطح سلول ميزبان مي‌باشد، بنابراين مهار اتصال باكتري، راهكاري مناسب جهت مهار عفونت مي‌باشد. با توجه به‌اينكه، پروتيين PapG به‌عنوان ادهسين عمل مي‌نمايد، كانديدي مناسب براي تهيه واكسن مي‌باشد. مواد و روش‌ها: DNA ژنوميك باكتري اشريشياكلي سويه باليني حاوي ژن II papG، استخراج گرديد. با طراحي پرايمر براي ژن papG II، واكنش PCR انجام گرفت. محصول PCR در پلاسميد (SK-) pBluescript كلون گرديد. با استفاده از نرم‌افزار ClustalW و MEGA4 توالي به‌دست آمده با توالي ژني موجود در بانك ژن هم‌طراز گرديد و تنوع ژني آن بررسي گرديد. يافته‌ها بر اساس اين همطرازي، ناحيه N ترمينال در سطح پروتيين و DNA حفاظت شده مي‌باشد. نتيجه‌گيري: ناحيه N ترمينال ژن PapG در بين سويه‌هاي باليني يك توالي حفاظت‌شده است و مي‌توان از آن براي طراحي واكسن عليه عفونت ادراري استفاده نمود

Background: Escherichia coli uropathogen is dominant pathogen in urinary infections. Urinary tract infections are one of the most prevalent human infections. Despite different antigens and toxins of interfering bacteria in infection, one of the important agents in the infections arising from Escherichia coli and the other gram negative bacteria is bacterial binding to host cell surface, so inhibiting the bacterial binding is an appropriate strategy to inhibit the infection. Whereas PapG protein acts as adhesion, it can be an appropriate candidate for developingvaccine. Material and Methods: A Genomic DNA of Escherichia coli bacterium extracted from clinical strain containing PapGII gene. Upon designing primer for PapGII gene, the PCR reaction was applied. The product of PCR was cloned in pBluescript (SK-) plasmid. Using Clustal W and MEGA4 software, the gained subsequence was alignmented with the gene subsequence existing in gene bank and its gene diversity was studied. Results: Based on was down alignment, N terminal on the protein surface and DNA are protected. Conclusion: N terminal domain of PapG gene is a conserved sequence among clinical straines? And it could be used for designing a vaccine against urinary tract infection.