شناسايي مولكولي و تجزيه تحليل تبارزايي ويروس موزاييك خيار زيرگروه IB جداشده از گياه دارويي ختمي

Molecular Identification and Phylogenetic Analysis of Cucumber Mosaic Virus IB Subgroup from Althaea officinalis

ويروس موزاييك خيار Cucumber mosaic virus (CMV) ، از جنس Cucumovirus و خانواده Bromoviridae مي باشد. خَتمي (Althaea officinalis) گياهي يك ساله و خودرو از تيره پنيركيان است كه گل، ميوه و ريشه آن مصارف دارويي دارد. در اين تحقيق، پنج نمونه مشكوك به آلودگي با CMV از گياه ختمي جمع آوري و وجود CMV با آزمون هاي سرولوژيكي از جمله DAS-ELISA ، از نمونه ها رديابي شد. از بين آن ها، جدايه Ta-alth انتخاب و پس از استخراج RNA كل از گياه آلوده به آن، با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي ناحيه ژن پروتيين پوششي، RT-PCR انجام و قطعه 675 جفت بازي تكثير شد. قطعه تكثير شده درون پلاسميد pTZ57R/T همسانه سازي و سپس تبديل سلول هاي مستعد Escherichia coli سويه DH5? انجام گرديد. جهت حصول اطمينان از قرارگرفتن قطعه موردنظر درون حامل، تجزيه تحليل پلاسميد نوتركيب خالص سازي شده با استفاده از آنزيم هاي برشي انجام و توالي قطعه تكثيري تعيين گرديد. توالي به دست آمده با استفاده از برنامه GeneDoc با توالي هاي متناظر ساير جدايه هاي CMV از ايران و نقاط ديگر دنيا (موجود در بانك ژن) مقايسه و درخت تبارزايي با استفاده از روش Neighbor-Joining(NJ) و برنامه TREECON رسم گرديد. تجزيه تحليل ترادف ژن پروتيين پوششي جدايهTa-alth نشان داد كه اين جدايه متعلق به زيرگروه IB ويروس موزاييك خيار مي باشد. اين اولين گزارش از آلودگي ختمي به CMV در ايران است.

Cucumber mosaic virus (CMV) belongs to the genus Cucumovirus in the family Bromoviridae. Althaea officinalis, commonly known as hollyhocks in the family Malvaceae, is an annual plant whose fruit, flower and root are used as medicinal products. In this study, five samples of hollyhocks leaves with viral symptoms were collected and CMV was detected using DAS-ELISA from the samples. Ta-alth isolate was selected and total RNA extracted. The PCR reaction was performed using CMV-CPF and CMV-CPR primer pair corresponding to the CP region of CMV and as a result, a 675 bp band was amplified. The amplified fragment inserted into pTZ57R/T and transformed into competent cells of E. coli strain DH5?. Extracted recombinant plasmid was analyzed by restriction analysis then sequencing. The GeneDoc was used to compare the generated CP sequence with the counterpart segment of previously reported CMV isolates from Iran and other parts of the world available in GenBank. A phylogenetic tree was generated with Neighbor-Joining (NJ) method in TREECON program which showed that the Ta-alth isolate belonged to subgroup IB of CMV. This is the first report of CMV from Althaea officinalis in Iran.