تفكيك سريع سويه‌هاي ويروس برونشيت عفوني طيور به روش آناليز HRM

Rapid differentiation of avian infectious bronchitis virus strains by HRM analysis

بيماري برونشيت عفوني يك عفونت حاد كروناويروسي با شيوع بالا در گله‌هاي ماكيان است كه سبب درگيري قسمت فوقاني دستگاه تنفس، سيستم كليوي و تناسلي در مبتلايان مي‌شود. با توجه به اهميت شناسايي و تفكيك سويه‌هاي عامل اين بيماري در تدوين برنامه‌هاي كنترلي و پيشگيرانه نظير واكسيناسيون و زمانبر بودن اغلب روش‌هاي تشخيصي، يك آزمايش Real-Time PCR به همراه آناليز HRM بر اساس شناسايي توالي قسمت 3’ UTR ژن سويه‌هاي واكسن برونشيت عفوني، به عنوان ويروس‌هاي مرجع، طراحي شد تا از اين طريق يك روش تشخيص و طبقه بندي سريع سويه‌هاي ويروس برونشيت عفوني پايه‌ريزي گردد. در اين مطالعه ديده شد كه سويه‌هاي مرجع واكسن براساس الگوي ذوب محصولات PCR با اندازه‌هاي 400 تا 430 bp و با محاسبه درصد اطمينان ژنوتايپي (GCP)، به چهار گروه مجزا تفكيك گرديدند كه در نهايت اين نتايج منجر به معرفي يك مدل هندسي و محاسباتي براي طبقه‌بندي سريع و مطمين اين سويه‌ها براساس آناليز HRM ناحيه 3’UTR شد.

Infectious Bronchitis is an acute contagious Coronovirus infection in chicken flocks that causes upper respiratory, renal and reproductive diseases in infected premises. Detection and differentiation of causative agent is essential to plan prevention and control strategies such as vaccination. Because most of detection techniques are time consuming, a real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) combined with high-resolution melt (HRM) curve analysis was developed based on the 3’UTR sequence of vaccinal strains as references of IBV to establish a rapid detection and differentiation method for IBV strains. Results showed that the vaccinal reference strains were divided in four groups according to melt curve models for 400 to 430 bp PCR products and calculating Genotype Confidence Percentage (GCP). This Study resulted in an introduction of a geometric and arithmetic model for rapid and reliable classification of IBV strains base on 3’UTR HRM analysis.