ژنوتيپينگ استافيلوكوك‌هاي كواگولاز منفي جدا شده از نمونه‌هاي كلينيكي با استفاده از ژن tuf با تكنيك PCR-Sequencing

Genotyping of Clinical isolates of coagulase-negative Staphylococcus species by PCR-Sequencing of tuf gene

بيش از دو دهه از پيدايش استافيلوكك‌هاي كواگولاز منفي به عنوان پاتوژن‌هاي فرصت طلب بخصوص در افراد داراي نقص سيستم ايمني و بيماران داراي ايمپلنت مي‌گذرد. بروز فزاينده عفونت‌هاي بيمارستاني ناشي ازاين باكتري‌ها شناسايي آنها را در حد گونه مطرح مي‌سازد. هدف از انجام اين مطالعه شناسايي سويه‌هاي استافيلوكك كواگولاز منفي جداسازي شده از 50 نمونه كلينيكي به روش‌هاي فنوتيپي و سكانسينگ ژن tuf بود. تعداد 50 نمونه استافيلوكوك‌هاي كواگولازمنفي ازنمونه‌هاي مختلف باليني بيمارستان شهيد محمدي بندرعباس جداسازي شد. روش‌هاي فنوتيپي شامل آزمون‌هاي بيوشيميايي و روش‌هاي ژنوتيپي سكونسينگ ژن tuf به كار گرفته شد. سپس بلاست و رسم درخت فيلوژنيك انجام شد. سويه‌هايي كه از نمونه‌هاي باليني جداسازي شدند شامل25(50%) استافيلوكك اپيدرميديس،22(44%) استافيلوكوك ساپروفيتيكوس و 3(6%) استافيلوكوك هموليتيكوس بودند. اغلب سويه‌هاي استافيلوكوك اپيدرميديس و استافيلوكوك ساپروفيتيكوس ازنمونه‌هاي خون و ادرارجداسازي شدند. وانكومايسين به عنوان موثرترين آنتي بيوتيك وسپس سفالكسين و افلوكساسيلين آنتي‌بيوتيك‌هاي موثر بودند. بعد از بلاستينگ سويه‌هاي رفرانس و رديف نمودن آنها با 8 نمونه سكانس شده، درخت فيلوژنيك با روش Neighbor joining رسم شد. 5 سويه داراي 100% قرابت نوكليوتيدي با epidermidis strain SeMCV45 .S و 3 سويه داراي 99% قرابت با haemolyticus strain ShlMCV14.S بودند. استافيلوكوك‌هاي كواگولاز منفي طيف وسيعي از عفونت‌هاي بيمارستاني را ايجاد مي كنند. PCR-Sequencing ژن tuf روش مناسب و مطميني براي شناسايي سويه‌هاي استافيلوكوك كواگولاز منفي در مطالعات اپيدميولوژيك است.

Background: Over the last two decades CONs have emerged as opportunistic pathogens, especially among immune compromised hosts and patients with implanted biomaterials. The increasing incidence of these micro-organisms in hospital- acquired infections necessitates the need for an accurate identification of staphylococcus isolates at the species level. Since tuf gene is known as the most accurate for specifying CONs, we aimed to identify species of 50 consecutive clinical CONs isolates by phenotypic characteristics and tuf gene sequencing. Materials and Methods: A total of 50 CONs was isolated from various clinical specimens of hospitalized patients in Shahid Mohammadi hospital, Bandar-Abbass. Phenotyping was carried out by differential - biochemical tests. Genotyping was performed by sequencing of tuf gene, followed by blast and construction of phylogenetic tree. Results: The clinical isolates consisted of 25(50%) S. epidermidis, 22(44%) S. saprophyticus and 3(6%) S. hemolyticus. S. epidermidis and S. saprophyticus strains were mostly isolated from blood and urine cultures, respectively. Vancomycin was found to be the most effective antibiotic followed by cefalexin and ofloxacin. Blast searches and phylogenetic tree inferred from the neighbor-joining method of 8 isolates revealed that 5 isolates had a tuf sequence 100 % identical to tuf gene of Staphylococcus epidermidis strain SeMCV45 , and 3 isolates was 99% similar to that of Staphylococcus haemolyticus strain ShlMCV14 isolated from media cultures . Conclusions: CONS are involved in a wide range of nosocomial infections. PCR and sequencing of the tuf gene is a reliable and valuable approach for the genotyping and identification of CONS species in epidemiological studies.