استفاده از نشانگر RAPD براي ارزيابي گوناگوني ژنتيكي برخي از گونه‌هاي آويشن

Using RAPD marker for genetic diversity assessment of several Thymus Species

سيزده نمونه از گياه دارويي آويشن، شامل10 نمونه از گونه بومي Thymus daenensis و نمونه‌هاي ديگر مربوط به گونه‌هاي T. migricus, T. pubsence و T. fedtschenkoi مورد ارزيابي‌ ژنتيكي قرار گرفتند. به‌منظور ارزيابي تنوع مولكولي نمونه‌هاي آويشن، DNA ژنومي به صورت بالك با استفاده از روش CTAB با كمي تغييرات، استخراج گرديد. براي انجام واكنش PCR از20 آغازگر رپيد استفاده گرديد كه تنها 8 آغازگر باندهاي واضح و تكرارپذير را نشان دادند. از مجموع 97 باند توليد شده 61% باندها چند شكل بودند. بيشترين تعداد قطعه تكثير شده (16عدد) مربوط به آغازگرOPA9 و كمترين تعداد (8 عدد) مربوط به آغازگر OPP3 بود. نمونه‌هاي شماره 8 (daenensis subs daenensis T.) و 10 ( T. daenensis subs daenensis) در كمترين فاصله ژنتيكي (شباهت 92%) نسبت به هم و نمونه‌هاي شماره 2 ( T. migricus ) و 11 (T. daenensis subs daenensis) در دورترين فاصله (شباهت 75%) نسبت به هم قرار داشتند. ميانگين تنوع ژني ني برابر با 2087/0 به‌دست آمد. دندروگرام ترسيم شده در فاصله ژنتيكي 80% دو گروه اصلي را بين 13 نمونه مشخص كرد. در يك گروه نمونه‌هايي از سه گونهT. migricus ،T. daenensis و T. pubsence قرار گرفتند و در گروه دوم دو گونهT.daenensis subs daenensis و T. fedtschenkoi قرار گرفتند. به‌طوركلي بررسي تنوع در ژنوتيپ‌هاي آويشن با استفاده از نشانگر رپيد نشان داد كه اين نشانگر در شناسايي نواحي چند شكلي و تخمين فاصله ژنتيكي و مديريت ژرم‌پلاسم مي‌تواند مفيد باشد.

Thirteen accessions of thyme medicinal plant belonging to Iranian endemic species of Thymus daenensis, T. migricus, T. pubsence and T. fedtschenkoi were studied to asses genetic variation. Genomic DNA was extracted using modified CTAB protocol. DNA was qualified using electrophoresis. Twenty primers were used for PCR analysis, of which only 8 primers showed clear bands. Out of 97 bands 61% were polymorphic. The number of amplification products per primer varied from 8 (OPP3) to 16 (DPA 9). T. daenensis (No. 8 and 10) were in the lowest genetic distance and T. migricus and T. daenensis (No. 11) were in the most genetic distance and the lowest genetic similarity. Dendrogram showed two major clusters. Group 1 was formed by T. daenensis, T. pubsence and T. migricus. Group 2 was formed by T. fedtschenkoi and T. daenensis subs daenensis (No.7). Finally investigating the genetic variation of the plant species by RAPD indicated that RAPD marker is suitable to determine the polymorphic loci and to estimate the genetic distance on the species.