بررسي تنوع ژنتيكي جدايه هاي ويروس موزاييك جنوبي مرغ بر اساس ترادف نوكليوتيدي ناحيه ´3 ژنوم*

GENETIC VARIATION OF BERMUDA GRASS SOUTHERN MOSAIC VIRUS ISOLATES BASED ON SEQUENCE OF 3ʹ REGION OF GENOME

ويروس موزاييك جنوبي مرغ (Bermuda grass southern mosaic virus, BgSMV)، فراوان ترين ويروس مولد موزاييك در مرغ در نواحي گرمسيري جنوب ايران مي باشد. به منظور تعيين تنوع ژنتيكي BgSMV، گياهان مرغ با علايم موزاييك از جيرفت، بوشهر، برازجان، رامهرمز، انديمشك، شوشتر، بهبهان و داراب جمع‌آوري و ناحيه ´3 ژنوم آنها با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي اين ويروس با روش RT-PCR تكثير و همسانه‌سازي شد. ناحيه CP-UTR اين جدايه ها به‌همراه تعدادي از ترادف هاي پوتي ويروس هاي غلات موجود در بانك ژن مقايسه و پس از انجام همرديف‌سازي چندگانه، مورد تجزيه و تحليل فيلوژنتيكي قرار گرفت. جدايه هاي مورد مقايسه در درخت فيلوژنتيكي در 6 شاخه جداگانه قرار گرفتند كه عبارت بودند از: BgSMV، ويروس موزاييك كوتولگي ذرت (Maize dwarf mosaic virus, MDMV )، ويروس موزاييك نيشكر (Sugarcane mosaic virus, SCMV)، ويروس موزاييك قياق ( Johnson grass mosaic virus, JGMV)، ويروس موزاييك سورگوم (Sorghum mosaic virus, SrMV) ودو ويروس موزاييك ايراني قياق ( Iranian Johnson grass mosaic virus, IJMV) و موزاييك زآ ( Zea mosaic virus, ZeMV) كه در يك شاخه قرار گرفتند. در بين پوتي ويروس ها، BgSMV بيشترين تشابه را با MDMV داشت. اما در ناحيه 5 ژن پروتيين پوششي BgSMV، 90 نوكليوتيد (معادل 30 آمينو اسيد) بيشتر از MDMV داشت و اين مساله در تمام جدايه هاي BgSMV صادق بود. ميانگين درصد تشابه نوكليوتيدي ناحيه CP-UTR بين جدايه هاي BgSMV، 1/98 درصد به‌دست آمد كه نشان‌دهنده تنوع ژنتيكي پايين اين ويروس در اين ناحيه از ژنوم است. به رغم وجود تشابه نوكليوتيدي بالاي BgSMV با MDMV، با توجه به تفاوت هاي اساسي از نظر دامنه ميزباني و سرولوژي بين دو ويروس و وجود يك قطعه 90 نوكليوتيدي اضافي در ناحيه ´5 ژن CP، BgSMV به عنوان گونه اي نزديك به MDMV در جنس پوتي ويروس در نظر گرفته مي شود.

Bermuda grass southern mosaic virus (BgSMV) is a widespread potyvirus inducing mosaic on Bermuda grass in warm regions of southern Iran. In this study, various geographical isolates of the virus were compared phylogenetically. Bermuda grass samples showing mosaic symptom were collected from Jiroft, Bushehr, Borazjan, Ramhormoz, Andimeshk, Shushtar, Behbahan and Darab. Viral RNA was extracted and reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) was conducted using specific primers for amplification of the 3? region (CP- UTR) of the viral genome. PCR- products were cloned and sequenced. The sequences of CP- UTR region of BgSMV isolates were compared with each other and with available sequences of cereal potyviruses in the GenBank. Phylogenetic analyses showed that all sequences were grouped into six clades of BgSMV, Maize dwarf mosaic virus (MDMV), Sugarcane mosaic virus (SCMV), Johnson grass mosaic virus (JGMV), Sorghum mosaic virus (SrMV), Iranian Johnson grass mosaic virus (IJMV) and Zea mosaic virus (ZeMV). IJMV and ZeMV were grouped in the same clade. Among potyviruses, BgSMV was close to MDMV. However it had an additional 90- nucleotide stretch in frame (30 amino acids) in the 5? region of the coat protein compared with MDMV. This difference was consistent in all BgSMV isolates. The mean of the nucleotide similarity in CP- UTR region among BgSMV isolates was 98.1% which indicates low level of genetic diversity in intra- population of BgSMV. Despite the high nucleotide sequence similarity between BgSMV and MDMV, differences between the two viruses in host range and serology, and presence of additional 90 nt in the 5ʹ region of CP gene, make BgSMV a distinct potyvirus species close to MDMV.