تفكيك و شناسايي تعدادي از لا ين‌ها و هيبريد هاي برنج (Oryza sativa L.) با استفاده از نشانگرهاي مولكولي مرتبط با تحمل به سرما

The isolation and identification of some rice (Oryza sativa L.) lines and hybrids using molecular markers associated with cold tolerance

به منظور تعيين قرابت ژنتيكي چهار لاين ايراني حساس به سرما و پنج لاين مقاوم به سرما با منشا IRRI و 20 هيبريد حاصل از تلاقي آن ها، تعداد 24 نشانگر SSR مرتبط با QTL هاي كنترل كننده مقاومت به سرما و چهار نشانگر مرتبط با ژن هاي مقاومت به سرما مورد ارزيابي قرار گرفتند. بررسي ارتباط بين نشانگرهاي SSR مرتبط با QTL هاي كنترل كننده مقاومت به سرما با ارقام حساس و مقاوم به سرما نشان داد كه نشانگرهاي RM292، RM261، RM270، RM263، RM283، RM7200، RM7003، RM239، RM6770، RM101 و RM335 به خوبي توانستند ژنوتيپ هاي حساس ايراني را از ژنوتيپ هاي مقاوم به سرما با منشا IRRI جدا كنند. ژنوتيپ هاي حسني و بينام به ترتيب بيش ترين و كم ترين شباهت را با ژنوتيپ هاي با منشا IRRI داشتند. نشانگرهاي مرتبط با ژن هاي مقاوم به سرما در بين والدين چند شكلي نشان ندادند. از ميان 24 نشانگر SSR استفاده شده، 18 نشانگر چند شكلي نشان دادند كه تعداد 51 نوار چند شكل را بين 9 ژنوتيپ والدي توليد كردند. از بين نشانگرهاي SSR، RM84 و RM202 با شش و پنج نوار بيش ترين و نشانگرهاي RM335، RM292، RM420،RM341 ، RM261، RM270 و RM283 با دو نوار كم‌ترين تعداد نوار چند شكل را ايجاد نمودند. محتواي اطلاعات چند شكلي (PIC) نشانگرهاي SSR بين 25/0 تا 40/0 متغير بود. تجزيه خوشه اي به روش UPGMA بر اساس ضريب تطابق ساده و بر پايه نشانگرهاي SSR، نه لاين والديني و 20 هيبريد آنها را در چهار گروه قرار داد، كه به ترتيب شامل 6، 5، 15 و 3 ژنوتيپ بودند. در مجموع هيبريدها شباهت بيش تري با ژنوتيپ هاي IRRI داشتند. تابع تشخيص كانوني به روش خطي فيشر نشان داد كه صحت گروه بندي حاصل از تجزيه خوشه اي 1/93 درصد بود.

In this study, 24 SSR markers associated with QTL controlling cold tolerance and four markers associated with cold genes were used to determine the genetic affinity of nine parental lines (including four Iranian susceptible lines and five tolerant IRRI lines) and their 20 hybrid combinations to cold stress. The Evaluation of relationship between SSR markers associated with QTLs controlling cold tolerance with susceptible and tolerant genotypes indicated that RM292, RM261, RM270, RM263, RM283, RM7200, RM7003, RM239، RM6770, RM101 and RM335 were able to separate four Iranian susceptible genotypes from five IRRI tolerant genotypes. Hassani and Binam genotypes had the most and the least similarity with IRRI genotypes, respectively. Markers associated with cold genes didn’t show any polymorphism between parents. Among the 24 used SSR markers, 18 markers were polymorph that amplified 51 polymorphic bands. The maximum band number (six and five) was produced by RM84 and RM202, respectively. The minimum band number (two) was produced by RM335, RM292, RM420, RM341, RM261, RM270 and RM283. PIC value for SSR primers varied from 0.25 to 0.40. Cluster analysis using UPGMA based on SSR markers and simple matching coefficient separated 9 parental lines and their 20 hybrid combinations into four groups, including 6, 5, 15 and 3 genotypes, respectively. Totally, hybrids were more similar to the IRRI genotypes. Results of canonical discriminant function Analysis using the Fisher’s linear method showed that the UPGMA method separated the genotypes with the 93.1 ? accuracy.