بررسي اثر تغييرات ژنتيكي در ژن هماگلوتينين ويروس هاي آنفلوانزا H9N2 در تشخيص آنها توسط RT-PCR

The effect of genetic variation in hemagglutinin gene of H9N2 influenza viruses in diagnosis using RT-PCR

تغييرات ژنتيكي در ژن هماگلوتينين يك ويژگي مهم در ويروس هاي آنفلوانزا مي‌باشد. اين تغييرات ممكن است تشخيص تحت تيپ هاي آنفلوانزا با روش RT-PCR را با محدوديت مواجه نمايد. در اين مطالعه از 6 ويروس جدا شده از ناي پرندگان صنعتي مشكوك به آنفلوانزا در استان خراسان شمالي، آزمايش RT-PCR جهت تشخيص آنفلوانزاي گروه A بعمل آمد و هر 6 نمونه مثبت تشخيص داده شدند. سپس اين جدايه ها با پرايمر اختصاصي H9N2 مورد آزمايش قرار گرفتند. نتايج نشان داد كه چهار جدايه H9N2مثبت بوده و دو جدايه فاقد باند در ژل الكتروفورز بوده و منفي تشخيص داده شدند. جهت ارزيابي بيشتر، ژن كامل هماگلوتينين 6 ويروس جدا شده تعيين توالي شدند. با استفاده از نرم افزار BLAST بانك ژن، تمامي ويروس ها تحت تيپ H9N2 شناخته شدند. همچنين با مقايسه توالي پرايمرها با توالي هدف در ژن هماگلوتينين در دو ويروس آخر مشخص شد كه سه اتصال غير منطبق در انتهاي 3ʹپرايمرهاي جلويي و برگشتي وجود دارد كه باعث كاهش حساسيت واكنش RT- PCRو كسب نتايج منفي كاذب شده است. بنابراين توصيه مي‌گردد كه آزمايشات RT-PCRدر يك دوره زماني خاص به روز رساني گردند.

Genetic variations in the hemagglutinin gene of influenza viruses are an important characteristic. These variations may cause limitation of RT-PCR assay for detection of influenza subtypes. In this study, a total of 6 samples, suspected to type A influenza virus, were isolated from industrial birds’ trachea in North Khorasan Province and RT-PCR analysis were performed. Results showed that all of the 6 suspected samples were detected positive as type A influenza viruses. These isolates were then determined their subtypes using RT-PCR H9N2 specific primers. The result showed that 4 out of 6 isolates were positive as H9N2 and other two isolates did not have any bond on gel electrophoresis and considered negative. For further evaluation, all of the hemagglutinin genes of viruses were sequenced and confirmed as H9N2 viruses using BLAST software in Gene Bank. It was also found, that primers binding sites with hemagglutinin genes in two last viruses were mismatched in three nucleotide acids with 3ʹ end of forward and reverse primers. These factors may reduce the sensitivity of RT-PCR tests and cause false negative results. Therefore, it would recommend updating RT-PCR primers and protocols in a timely manner.