تنوع ژنتيكي ماركر D7S2420 در پنج قوم از جمعيت ايراني: يك ماركر به شدت اطلاع‌دهنده در تشخيص‌هاي مولكولي ناشنوايي غير‌سندرمي اتوزومي مغلوب

• Genetic Variation of D7S2420 Marker in Five Ethnic Groups of the Iranian Population: A Highly Informative Marker for Molecular Diagnosis of ARNSHL

جهش‌هاي ژن SLC26A4 پس از ژن GJB2 مهم‌ترين عامل ژنتيكي ايجاد كننده ناشنوايي غير‌سندرمي با وراثت اتوزومي مغلوب (utosomal Recessive Non-syndromic Hearing Loss, RNSHL) هستند كه امروزه در تشخيص‌هاي مولكولي مورد بررسي قرار مي‌گيرند. در پايگاه داده‌ها تعداد زيادي از ماركرهاي STR مرتبط با اين ناحيه معرفي شده است. در اين مطالعه، خصوصيات و اطلاع دهندگي ماركر D7S2420 با توالي‌هاي تكراري C، كه در ناحيه 5َ ژن SLC26A4 مي‌باشد، در پنج قوم مختلف جمعيت ايراني مورد بررسي قرار گرفت. تعيين ژنوتيپ جايگاه‌ ژني ماركر D7S2420 در 165 فرد شنواي غير‌خويشاوند از پنج قوم فارس، آذري، تركمن، گيلك و عرب توسط واكنش زنجيره‌اي پليمرازي (PCR) و سپس ژل الكتروفورز پلي‌اكريل‌آميد (PGE) و در نهايت الكتروفورز فلورسنت مويينه صورت گرفت. در اين مطالعه از نرم‌افزارهاي GeneMarker HID Human STR Identity به منظور آناليز نتايج الكتروفورز مويينه و GenePop براي تعيين فراواني آللي، درصد هتروزيگوسيتي و بررسي تعادل هاردي‌وينبرگ و Microsatellite Tools براي تخمين مقدار(PIC (Polymorphism Information Content استفاده شد. بررسي آلل‌هاي ماركر D7S2420 بيان‌گر وجود 11 آلل در جمعيت ايراني است كه آلل 288 جفت بازي با فراواني 24% در جمعيت ايراني فراوان‌ترين آلل به شمار مي‌آيد. هتروزيگوسيتي مشاهده شده در كليه اقوام، بالاي 70% است، كه از ميان آن‌ها بالاترين هتروزيگوسيتي متعلق به قوم فارس به ميزان 9/87% مي‌باشد. بررسي تعادل هاردي واينبرگ (HWE) نشان مي‌دهد كه كليه اقوام جمعيت ايراني براي ماركر D7S2420 در تعادل هستند. در انتها، بررسي مقدار PIC ماركر حاكي از اطلاع دهندگي شديد (Highly Informative) آن در اقوام مورد بررسي جمعيت ايراني مي‌باشد (مقدار PIC بالاتر از 7/0). نتايج به دست آمده در اين مطالعه ماركر D7S2420 را به شدت اطلاع دهنده در تشخيص‌هاي مولكولي ناشنوايي غيرسندرمي وابسته به SLC26A4 با توارث اتوزومي مغلوب به روش آناليز پيوستگي در جمعيت ايراني معرفي مي‌نمايد.

SLC26A4 gene mutations are the second currently identifiable genetic cause of autosomal recessive non-syndromic hearing loss (ARNSHL) after GJB2 mutations, which are nowadays being investigated in molecular diagnosis. In databases, several potential STR markers related to this region have been introduced. In this study, the identity and informativeness of D7S2420 CA repeat STR marker in 5ʹ end of SLC26A4 gene region was examined in five ethnic groups of the Iranian population. The locus was genotyped in 165 unrelated healthy individuals of five different ethnics including Fars, Azari, Turkmen, Gilaki, and Arabs using polymerase chain reaction (PCR) followed by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) and fluorescent capillary electrophoresis. In the present study, the results of fluorescent capillary electrophoresis were analyzed by GeneMarker HID Human STR Identity software. The allele frequency, degree of heterozygosity and Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) for unrelated individuals were estimated with the GenePop program and polymorphism information content (PIC) values were computed by Microsatellite Tools software. Analysis of the allelic frequency revealed the presence of 11 alleles for D7S2420 marker in the Iranian population of which, the allele 288bp at the D7S2420 locus with 24% frequency was the most frequent. The observed heterozygosity in all investigated ethnic groups was above 70%, with the highest rate of 87.9% for the Fars ethnic origin. Analysis of deviations from Hardy-Weinberg equilibrium demonstrated that all the ethnic groups were in equilibrium (P > 0.05) for the D7S2420 locus. Finally, analysis of PIC value revealed that the D7S2420 marker could be considered as a highly informative marker in each ethnicity of the Iranian population (PIC value above 0.7). Our data suggested that D7S2420 could be introduced as a highly informative marker in molecular diagnosis of SLC26A4 based ARNSHL in our population by linkage analysis.