مقايسه ميزان استفاده از كدون‌ هاي مترادف بين قسمت ‌هاي كد شونده ژنوم ويروس ‌هاي پاپيلوما انساني كم ‌خطر و پر خطر با استفاده از روش بيوانفورماتيكي

In Silico Comparison of Synonymous Codons Usage between the Coding Sequences of Low and High Risk

ويروس‌هاي پاپيلوما انساني، ويروس‌ هاي كوچك و بدون پوششي هستند كه ژنوم آن‌ها DNA دو رشته‌اي حلقوي است. ژنوم اين ويروس ‌ها تعدادي پروتيين اوليه و تعدادي پروتيين تاخيري را كد مي‌ كند. اين ويروس ‌ها بر اساس ايجاد ضايعات بدخيم و سرطان‌ ها به دو گروه كم خطر و پر خطر دسته‌ بندي مي‌شوند. هدف از اين پژوهش بررسي ميزان استفاده از كدون ‌هاي مترادف بين قسمت ‌هاي كد شونده ژنوم انواع كم‌ خطر و پر خطر ويروس پاپيلوماي انساني است. به همين منظور ميزان استفاده از كدون ‌هاي مترادف بين قسمت‌ هاي كد شونده ژنوم انواع كم ‌خطر و پر خطر ويروس پاپيلوما انساني از وب ‌گاه CUTG (http://www.kazusa.or.jp/codon) جمع ‌آوري و با استفاده از نرم‌ افزاري آماري ROC، ميزان استفاده از هريك از كدون ‌هاي مترادف قسمت‌ هاي كد شونده ژنوم ويروس ‌هاي پاپيلوما انساني در انواع كم‌ خطر و پر خطر مقايسه شد. آناليز آماري داده‌ها نشان داد كه 5 كدون UAU (تيروزين)، UGU (سيستيين)، ACA (تريونين)، AGG (آرژنين) و GUC (والين) به طور معنا داري در انواع كم‌ خطر و پر خطر متفاوت هستند. بررسي الگوي استفاده از كدون ‌ها، مي ‌تواند در طبقه ‌بندي ويروس‌هاي پاپيلوماي انساني كم‌ خطر و پر خطر روشي موثر باشد.

Human papillomaviruses (HPVs) are small non-enveloped viruses with a a double-stranded DNA. The genome of HPVs encodes a number of early and late proteins. These viruses can be classified into high risk and low risk groups according to production of malignant lesions. In the present study, we analyzed the synonymous codon usage in coding sequences of high and low risk human papillomavirus genomes. The synonymous codon usage of these two groups was obtained from http://www.kazusa.or.jp/codon and analyzed using the ROC software. Statistical data analysis indicated that the usage of five codons of UAU (tyrosin), UGU (cysteine), ACA (threonine), AGG (argenine), and GUC (valine) was significantly different between high and low types. The results of our study revealed the usefulness of codon usage analysis for the classification of high and low risk human papillomavirus.