امكان تعيين SNP هاي مرتبط با سرطان سينه به روش مطالعات مجازي ارتباطي كل ژنوم

Feasibility Study of the Detection of SNPs Associated with Breast Cancer by Genome-Wide Association Virtual Studies

استفاده از پايگاه داده هاي ژنومي موجود از جمله Hap Map و مطالعات مجازي ارتباطي كل ژنوم، امكان تعيين ماركرهاي ژنتيكي شناخته شده مرتبط با بيماري هاي پيچيده1 را فراهم مي كند. مطالعات ارتباطي كل ژنوم شامل بررسي مستقيم پلي مورفيسم ژنتيكي در گروه هاي بزرگي از افراد سالم و بيمار مي باشد كه ابزار قوي براي شناسايي آللهاي با پنترانس2 پايين ايجاد مي كند كه قبلاً با مطالعات پيوستگي قابل شناسايي نبود. همچنين در اين روش با استفاده از سيستم هاي كامپيوتري و نرم افزاري، بدون دانش قبلي و موقعيت ژن، امكان تعيين ارتباط SNP ها با بيماري امكان پذير شده است. اين مطالعات روي پنج نوع از شايعترين سرطان ها در دنيا شامل: سرطان هاي سينه، پروستات، روده بزرگ، ريه و پوست متمركز شده است. با شبيه سازي هفت SNP شناخته شده مرتبط با سرطان سينه با نرم افزار GWASimulator براي 10000 نفر، روي كروموزوم هاي 2، 5، 6 ، 8، 10، 11 و 16 ، امكان سنجي مطالعات مجازي ارتباطي كل ژنوم با نرم افزارR بررسي شد. در بين SNP هاي شبيه سازي شده، rs2981582 روي ژن FGFR2 قوي ترين ارتباط با سرطان سينه را نشان داد. همچنين SNP هاي rs889312, rs2180341 , rs3817198 به عنوان ماركرهاي ژنتيكي مرتبط با سرطان سينه شناسايي شدند، ولي اثر SNP هاي شبيه سازي شده روي كروموزم هاي 2، 6 و 8 در سطح معني داري تصحيح شده، معني دار نشد كه نيازمند شبيه سازي تعداد بيشتري از افراد گروه شاهد و بيمار داشت. نتايج اين تحقيق نشان داد كه امكان تعيين چند شكلي هاي تك نوكليوتيدي مرتبط با بيماري با استفاده از سيستم هاي مجازي و مبتني بر داده هاي واقعي پروژه Hap Map توسط نرم افزار R به راحتي وجود دارد

Available genomic data and genome-wide association virtual studies provide the possibility of genetic markers detection known to be associated with complex diseases. Genome Wide Associated Studies (GWAS), which involve direct testing of genetic polymorphisms in large series of disease cases versus controls, provide a powerful approach to identify lower penetrance alleles that cannot be already detected by genetic linkage studies. By utilizing computer and software systems, it is possible to detect the association of SNPs with diseases without prior knowledge of the function or position. GWAS has been conducted in five of the most common cancer types: breast, prostate, colorectal, lung, and melanoma. GWAS of the breast cancer was performed by simulation of 7 known SNPs on chromosomes 2, 5, 6, 8, 10, 11 and 16 for 10000 women. A simulation study was performed using GWASimulator software and data were analyzed by R software (SNPassoc package). The strongest associations were found for rs2981582 in the FGFR2 gene. SNPs rs889312, rs2180341 and rs3817198 were associated with breast cancer. However, SNPs rs13387042, rs2180341 and rs13281615 on chromosomes 2, 6, and 8 were not associated with the disease, which requires more cases and controls to be stimulated. The results of this research showed that the detection of SNPs associated with the disease was easily possible through employing virtual systems based on real data of Hap Map project using R software.