مقايسه كارايي روش هاي مختلف استخراج DNA از باله و فلس اردك ماهي (Esox lucius L.)

• Performance Comparison of DNA Extraction Methods from the Fins and Scales of the Pike (Esox lucius L.)

استخراج DNA ژنومي با كميت و كيفيت مطلوب ازنياز?هاي اساسي ژنتيك مولكولي است. لذا امروزه براي استخراج DNA از روش?هاي بافت?هاي مختلف موجودات استفاده مي?شود. از منظر حفاظت گونه?ها، روش هاي غير مخرب و غير كشنده، نمونه برداري در الويت مي باشند. اين مطالعه با هدف معرفي روش بهينه استخراج DNA از دو بافت باله و فلس اردك ماهي از طريق مقايسه سه روش فنل - كلروفرم، روش نمك فوق اشباع واستات آمونيوم صورت پذيرفت. براي انجام اين مقايسه از 90 نمونه باله و فلس اردك ماهي جمع آوري شده از استانهاي گيلان و مازندران استفاده شد. پس از تخليص DNA از دو بافت مذكور پارامتر هاي كمي و كيفي به ترتيب با استفاده از دستگاه نانودراپ و ژل آگارز 1% و همچنين قابليت تكثير DNA توسط نشانگر ريزماهواره و با استفاده از آغازگر ELU19 مورد ارزيابي قرار گرفت. نتايج نشان داد بالاترين كارايي در مواردي كه غلظت DNA واجد اهميت مي?باشد به ترتيب ازروش فنل – كلروفرم و بافت باله حاصل مي شود و در مواردي كه غلظت اهميت كمتري دارد روش نمك اشباع و بافت باله يا فلس نتايج بهتري در بر خواهند داشت. همچنين با توجه به نتايج PCR-SSCP اندازه باند?هاي حاصله 150bp بود و كيفيت باند ها در بافت باله با استفاده از روش فنل - كلروفرم و نمك اشباع نسبت به فلس با سه روش به كاربرده ديگر بهتر بود. در مجموع روش نمك اشباع به?واسطه عدم استفاده از مواد سمي و با توجه به هزينه كمتر در استخراج DNA از اردك ماهي توصيه مي گردد.

Genomic DNA extraction with high quantity and quality is one of the basic necessities of molecular genetic studies. Therefore, nowadays, various methods for extracting DNA from different organisms and tissues are used. Non destructive and non-lethal sampling methods are preferred for conservation reasons. This study introduces an optimal method for extracting DNA from two non-lethal sample tissues of the pike through comparing three methods of phenol - chloroform, saturated NaCl, and ammonium acetate. Ninety samples of the pike fins and scales were collected from Gilan and Mazandaran. Nanodrop and electrophoresis on 1 % agarose gel were used for evaluating the quality and quantity of extracted DNA samples. Also amplification ability of the DNA was assessed with microsatellite markers using the ELU19 primer. Based on the results, the best efficiency, if the DNA concentration was important, was achieved by the phenol - chloroform method and the fin tissue. The saturated salt method from the fin or scale tissues showed higher efficiency if the DNA concentration was less important. According to the results of PCR-SSCP, amplified bands were 150bp. DNA samples of the fin tissue using phenol – chloroform and saturated salt methods showed sharper bands in comparison with the scale tissues in all three methods. So, the saturated salt method seems to be a suitable method for DNA extraction from pike tissues because it uses less toxic materials and is inexpensive.