مقايسه دو روش PCR مستقيم و PCR با استفاده از روش استخراج DNA در تعيين تيپ‌هاي مختلف كلستريديوم پرفرينجنس

Compare of two methods of direct PCR and PCR with DNA extraction in Clostridium Perfringens typing

واكنش زنجيره اي پليمراز (PCR) يك روش مناسب براي شناسايي عوامل بيماري‌زا محسوب مي شود و جداسازي DNA اولين گام در اين مسير است. استخراج DNA يك مرحله وقت گير در تحقيقات ژنتيك مولكولي به شمار مي آيد كه در بعضي موارد از كل مراحل انجام PCR طولاني تر است. هدف از انجام اين تحقيق، استفاده از PCR مستقيم (بدون استخراج DNA) جهت تعيين تيپ هاي مختلف باكتري كلستريديوم پرفرينجنس مي باشد. در اين تحقيق PCR مستقيم و همچنين PCR با DNA استخراج شده بر روي چهار تيپ A، B، C و D باكتري كلستريديوم پرفرينجنس انجام شد، كه براي اين هدف از چهار جفت پرايمر اختصاصي كه مكمل بخش هايي از ژن هاي كد كننده توكسين هاي آلفا، بتا، اپسيلون و يوتاي اين باكتري بودند استفاده گرديد. در هر دو روش PCR مستقيم و PCR با DNA استخراج شده، قطعات 196، 324 و 655 جفت بازي سنتز گرديد كه به ترتيب مربوط به توكسين آلفا، بتا و اپسيلون مي باشند. در نهايت براساس طول قطعات سنتز شده در PCR، تيپ‌هاي مختلف اين باكتري تشخيص داده شدند. نتايج اين تحقيق نشان مي دهد كه انجام PCR به طور مستقيم از كلوني بسيار ساده است و كيفيت باند ايجاد شده در PCR مستقيم و PCR با DNA استخراج شده با هم تفاوتي ندارند. بنابراين با توجه به اينكه استفاده از PCR مستقيم زمان، مراحل و هزينه PCR را كاهش مي دهد و امكان آزمون تعداد زيادي نمونه را در زمان كوتاهتري فراهم مي آورد، استفاده از اين روش توصيه مي گردد.

Polymerase chain reaction (PCR) is a suitable method for detecting pathogenic agents and first step in this process is DNA extraction. DNA extraction enumerate as a long stage in molecular genetic researches that is longer than total PCR process in some cases. The aim of this research is use of direct PCR (without DNA extraction) for different typing of Clostridium perfringens. In this study direct PCR and also PCR by extracted DNA was implemented on the A, B, C and D types of Clostridium perfringens. For this purpose four pairs of specific primers that were complementary with parts of the genes encoding ?, B, ? and ? toxins of this bacterium were used. In both direct PCR and PCR by extracted DNA, 196, 324 and 655 bp fragments were amplified that are dependent to ?, B and ? toxins respectively. Upshot different strains of this bacterium were identified based on amplified fragment length in PCR. The result showed that success of PCR is simple from colony directly and quality of created bands is the same in both methods. Therefore, use of this method is recommended because the direct PCR reduce time, steps and cost of PCR and provide possibility of testing many samples in shorter times provides.