آناليز فيلوژنيك تعدادي از جدايه‌هاي اورنيتوباكتريوم رينوتراكيال از مرغداري‌هاي صنعتي استان البرز

The phylogenetic analysis of some Ornithobacterium rhinotracheale isolates from industrial chicken flocks of Alborz province

اورنيتوباكتريوم رينوتراكيال به عنوان يك عامل بيماري‌زاي باكتريايي در گله‌هاي ماكيان و بوقلمون شناخته شده است. هدف از اين مطالعه تعيين توالي نوكليوتيدي تعدادي از جدايه‌هاي اين باكتري مرغداري‌هاي صنعتي استان البرز و بررسي مشابهت (هم‌طرازي) ميان آنها و همچنين مقايسه آنها با جدايه‌هاي كشورهاي مختلف و بررسي فيلوژنيكي آنها بوده است. در اين مطالعه تعداد 10 نمونه كه به روش كشت از مرغداري‌هاي صنعتي استان البرز جداسازي شده بودند، جهت بررسي مولكولي انتخاب شدند. پس از استخراج DNA به روش فنل- كلروفرم، ابتدا با كمك پرايمرهاي اختصاصي، شناسايي قطعي باكتري انجام شد و سپس با كمك پرايمرهاي اختصاصي ژن كامل 16S rRNA، هر جدايه با حدود 1450 جفت باز، تكثير و تخليص شده و توالي نوكليوتيدي آنها مشخص گرديد. هم‌رديف كردن و مقايسه توالي‌هاي نوكليوتيدي در برنامه Bioedit نشان دهنده تشابه 100 درصد ده جدايه اين باكتري از مناطق مختلف استان البرز از لحاظ توالي ژن 16S rRNA با يكديگر و تشابه زياد (6/98 تا 100 درصد) آنها با 63 جدايه از ساير كشورهاي جهان بود. آناليز فيلوژنيك در نرم‌افزار MEGA نشان مي‌دهد كه جدايه‌هاي استان البرز و اخذ شده از بانك ژن، در سه شاخه متفاوت قرار گرفته و تمامي ده جدايه البرز در يك شاخه واقع شده‌اند. بيشترين قرابت جدايه‌هاي استان البرز با جدايه‌هاي كشورهاي آمريكا، روسيه و تايوان ديده شد. به طور كلي نتايج اين بررسي نشان داد كه جدايه‌هاي استان البرز از نظر ساختار مولكولي نزديك به هم بوده و هومولوژي بين آنها وجود دارد.

Ornithobacterium rhinotracheale (ORT) has been identified as one of the emerging respiratory bacterial pathogens in turkey and chicken flocks. The aim of this study was the analysis of 16S ribosomal RNA nucleotide sequences of some isolates from Alborz province chicken flocks. For this purpose, 10 ORT isolated and identified by culture method from commercial chicken flocks of Alborz province were selected. After DNA extraction using phenol-chloroform method, all samples were tested by specific PCR for ORT identification. The second PCR for amplification of 16S rRNA complete gene was set-up and then about 1450-bp bands were sequenced. Multiple alignment and phylogenic analysis of DNA sequences were performed with Bioedit and MEGA programs. Phylogenetic analysis of ORT isolated from Alborz province (6 of broiler origin, 3 of layer origin and 1 of broiler breeder origin) and 63 ORT sequences obtained from Gen bank from all around the world showed high genetic similarity (98.6% - 100%) among them. The 16S rRNA sequence of 73 ORT sequences were grouped into three genetic clusters. The Alborz isolates showed 100% similarity. These 10 isolates showed the most homology with ORT isolated from USA, Russia and Taiwan. Overall, these results revealed the same molecular structure and high homology among ORT isolates from Alborz province.