مقايسه دو روش LAMP فلورسنت و PCRدر تشخيص مولكولي سالمونلا

Comparing Fluorescent Loop-Mediated Isothermal Amplification and PCR in Detecting Salmonella

سابقه و هدف : باكتري سالمونلا يكي ازاعضا خانواده انتروباكترياسه بوده كه باعث ايجاد بيمار ي هاي عفوني در انسان و حيوان مي گردد. از جمله بيماري هاي ايجاد شده مي توان به تب رود ه اي (تيفوييد )، باكتريمي، انتروكوليت، سالمونلوز اشاره نمودكه خود يك معضل بهداشتي محسوب مي گردد. بنابراين تشخيص سريع، دقيق، مطمين و به موقع آن براي جلوگيري از اپيدمي و عوارض مخرب اين باكتري ضروري به نظر مي رسد. مواد و روش ها: روش هاي مختلفي جهت تشخيص باكتري سالمونلا وجود دارد از ان جمله مي توان به روش اشاره نمود كه تمام اين رو شها به زمان طولاني وتعداد زياد باكتري Real-time PCR و PCR ،Immuno assay ، كشت در نمونه اوليه و تجهيزات گران قيمت آزمايشگاهي و افراد متخصص در اين زمينه نياز دارند به همين دليل در اين مطالعه روشي به كار گرفته شد كه معايب رو شهاي پيشين را به حداقل برساند در اين روش از تكثير تك دمايي وابسته به حلقه يا همراه با دو پروب فلورسنت استفاده گرديد واين (Loop–Meadiated iso thermal Amplification of DNA) LAMP مقايسه شد. LAMP مي باشد و روش DNA كه در حال حاضر متداول ترين تكنيك تكثير PCR روش با LAMP by Using florescent Prob و LAMP ،PCR يافته ها : در اين مطالعه از 4 سويه سالمونلا جهت انجام تقريبا 2 ساعت زمان صرف LAMP جهت شناسايي سالمونلا بالغ بر 3 ساعت روش PCR استفاده گرديد كه طي انجام به 70 دقيقه كاهش يافت با توجه به اين كه كاهش LAMP by Using florescent Prob گرديد كه اين زمان در روش زماني همراه با افزايش دقت و اختصاصيت در تعيين جواب هاي مثبت مي باشد لذا از اهميت ويژه اي برخوردار است. جهت شناسايي سالمونلا روش LAMP by Using florescent Prob استنتاج: براساس نتايج به دست آمده روش تشخيصي مولكولي سريع تر، دقيق تر و با اختصاصيت بالاتر وكاربردي گسترده تر در آزمايشگاه تشخيص پزشكي، پزشكي قانوني، كشاورزي وتحقيقاتي مي باشد. مزاياي اين روش عدم نياز به چرخه هاي دمايي و دستگاه ترموسايكلر نسبت به روش اين امكان را مي دهد كه تفسير LAMP و استفاده از يك ماده نشاندار در تعيين جواب هاي مثبت در مقايسه با روش PCR نتايج از اطمينان و دقت بيشتري برخوردار باشد.

Background and purpose: Salmonella is a group of Enterobacterias that cause infectious diseases in human and animals. Typhoid, bacteremia, enterocolitis and salmonellosis which are caused by this bacterium are considered major health concerns in developing countries, such as Iran. Quick, accurate, reliable and early diagnosis is vital to prevent Salmonella outbreak. Materials and methods: There are various diagnosis methods such as immunoassay and culture, PCR, and Real time PCR for detection of salmonella in contaminated samples. These methods require long time for diagnosis, numerous bacterial colonies, expensive laboratory equipments and expert lab personnel. Therefore, this study used a new method to avoid the disadvantages of previous methods. We used Loop-Mediated isothermal amplification of DNA (LAMP) with two fluorescent probes. Then it was compared with PCR. Results: In this study four Salmonella isolations were used for PCR, LAMP, and LAMP using fluorescent probes. The time to identify Salmonella in PCR method was three hours compared to two hours in LAMP method, while this time reduced to 70 min using LAMP with fluorescent Prob. Conclusion: LAMP with two fluorescent probes is a fast, accurate, economic and practical method with more level of coverage in medical diagnosis laboratories, legal medicine, and agricultural researches. Other advantages of this method are temperature independency and no thermo cycling by replacement of PCR machine with simple and very cheap thermo block instrument. Moreover, detection is more accurate than turbidity detection in simple LAMP.