مطالعه بيوانفورماتيكي ژن Wdhn13 در گونه‌هاي ديپلوييد، تتراپلوييد و هگزاپلوييد گندم با استفاده از روش

The Bioinformatics Study of Wdhn13 Gene in Diploid, Tetraploid and Hexaploid Wheat Cultivar by Using Insilco AFLP Analysis

سابقه و هدف: ژن Wdhn13 كد كننده پروتيين هاي گروه 2 LEA مي باشد. پروتيين هاي LEA اولين بار در گندم و پنبه به عنوان پروتيين هاي تجمعي در اواخر دوره جنيني شناسايي و مطرح شدند. ساختار اوليه پروتيين هاي LEA شامل دمين هاي اوليه باردار و بدون بار از آمينواسيد هاي قطبي باقي مانده اما غيرآبدوست مي باشد، كه دلالت برآبدوست بودن پروتيين‌هاي LEA دارد. مواد و روشها: در اين تحقيق روابط فيلوژنتيكي و بيوانفورماتيكي ژن Wdhn13 در 8 گونه گندم مطالعه شد و جهت آناليز هاي مولكولي 3 آنزيم برشي: HindIII با سايت برشي aagctt، AluBI با سايت برشي agct و TaqI با سايت برشي tcga استفاده شد و توسط نرم افزار بيولوژيكي CLC به صورت Insilco و در شرايط خارج آزمايشگاهي به توالي ها اعمال شد. يافته ها: نتايج حاصل از آناليزهاي فيلوژنتيكي بر اساس الگوريتم UPGMA نشان دهنده اين موضوع بود كه گندم هاي مورد بررسي از لحاظ اين ژن در3 گروه قرار دارند.كه گروه اول شامل 4 رقم گندم نان(توالي موجود در NCBI)، گندم سرداري، گندم دوروم شوش و گندم دوروم بروجرد، گروه دوم شامل 1رقم وحشي اورارتو و گروه سوم شامل 2 رقم نان گنبد و ديكوكوييدز بودند. نتيجه گيري: نتايج اين تحقيق نمايانگر ارتباط ويژه و نزديكي بعضي گونه هاي مورد مطالعه بود

Aim and background: The Wdhn13 gene codes the LEA 2 protein family. LEA proteins were identified and discussed in wheat and cotton as a proteins cumulative first time in the late embryo period. The primary structure of LEA proteins, including early charged domains and non-charged of polar amino acid residues non hydrophilic is that LEA proteins are being implicated on hydrophilic. Material and Methods: in this research, the Phylogenetic and bioinformatics relationship of Wdhn13 in 8 wheat species was investigated. The HindIII (AAGCTT), AluBI (AGCT) and TaqI (TCGA) restriction enzyme were used for molecular analysis and by biological CLC main workbench 6 software the Insilco and out of vitro were applied in sequence Result: Phylogenetic analysis result based on UPGMA algorithm showed that studied wheat species were divided into 3 clusters. The first cluster includes 4 wheat cultivar NCBI database’s sequence, T.aestivum CV Sardari, T.durum CV shosh, T.durum CV borojerd. The T.urartu was located in the second cluster alone. The third cluster includes T.aestivum CV gonbad and T.dicocoides. Conclusion: The results indicated a relationship among some wheat species