شناسايي ژن F ويروس بيماري نيوكاسل جدا شده از اپيدمي هاي اخير بيماري در ايران

Identification of Newcastle Disease Virus F gene from Recent Outbreaks in Iran

چكيده مقدمه: بيماري نيوكاسل عفونتي فوق العاده مسري در بسياري از گونه هاي طيور مي باشد. ويروس بيماري نيوكاسل متعلق به خانواده پارامايكسوويريده و جنس رابولوويريده است. از پوشش اين ويروس دو نوع زايده سطحي(خار) خارج شده است كه يكي از آن ها گليكوپروتيين امتزاجي(F) است و مسيول امتزاج سلولي، هموليز و نفوذ ويروس است. شكست پذيري مولكول FO با خاصيت بيماري زايي ويروس ها در درون طيور ارتباط مستقيم دارد. هدف از اين مطالعه شناسايي ژن F ويروس بيماري نيوكاسل و تعيين توالي هاي نوكلـــيوتيدي و آميــنواسيدي سويه هاي جدا شده از اپيدمي هاي اخير بيماري در ايران است. مواد و روش ها: ويروس ها(شش سويه) پاساژ داده شد و RNA آن ها استخراج گرديد. سپس cDNA با استفاده از روش RT- PCR تهيه و تكثير ژنوم ويروس انجام گرديد. ايزوله ها از طريق الكتروفورز و مشاهده باندها توسطUV شناسايي شدند. بر روي نمونه ها واكنش هضم آنزيمي توسط آنزيم Pst I آنجام گرديد. براي تاييد نتايج تعدادي از نمونه ها براي تعيين ترادف(سكويينسينگ) ارسال گرديد. يافته هاي پژوهش: كليه نمونه ها باند 935 bp نشان دادند كه پس از هضم آنزيمي با PstI دو باند bp720 و bp 180 به دست آمد. آناليز نوكليوتيدي تفاوت قابل نوحهي در توالي اسيدآمينه را نشان نداد و هيچ تغيير اسيدآمينه اي در جايگاه شكست پروتيين F مشاهده نشد. بحث و نتيجه گيري: عدم وجود هيچ گونه جهش نقطه در جايگاه شكست پروتيينF، نشان دهنده اهميت حفظ شدگي شديد ناحيه جايگاه شكست در بين سويه هاي مختلف مورد مطالعه مي باشد.

Abstract Introduction: Newcastle disease is an extr-emely contagious disease that infects many species of birds. Newcastle Disease Virus (NDV) belongs to the paramyxoviridae fa-mily and genus Rubulavirus. The mem-brane of the virus particle contains HN and F glycoproteins. Cleavage of the F glycop-rotein has a direct relation with the patog-enicity of the virus. The aim of this study was to determine the gene and protein sequences of F glycoprotein in virus strains isolated from recent outbreaks in Iran. Materials & Methods: Six NDV Viruses were passaged and their RNA isolated. Using RT- PCR technique, cDNA prepar-ation and amplification of the gene were done. Isolates were assessed by electropho-resis and observed with UV. The isolates were digested with restriction enzyme Pst I. Finally, in order to corroborate the ampl-ified PCR product, DNA of isolates were purified, dried and sequenced. Finding: In this study all of the NDV strains contained a 935 bp band that after digestion with Pst I, produce two bonds 720 bp and 180 bp. Nucleotide analysis showed single base mutations but that was not significant amino acid sequence and anal-ysis indicated no amino acid change in the cleavage site of F protein. Discussion & Conclusions: Absence of point mutations in the cleavage site of F protein illustrated the importance of the maintained cleavage site of protein F among the strains studied. Keywords: newcastle disease virus, F gene identification, mutation, Iran