آناليز بيان ژن داده هاي ماكرواري بيماري لوكميا با برنامه DAVID

Gene Expression Analysis of Leukemia Microarray Data By DAVID Program

چكيده مقدمه: سرطان خون يا لوكميا بيماري پيشرونده و بدخيم اعضاي خون ساز بدن است. ناهنجاري ‌هاي ژنتيكي نقش بسيار مهمي در رشد لوكمي در بدن دارد. مطالعات زيادي پيرامون كشف عوامل ملكولي درگير در اين بيماري صورت گرفته است يكي از حوضه هاي دانش جديد در كشف بيان ژن ها در حالت بيماري استفاده از تكنولوژي ماكرواري است كه يك تصوير كلي از ميزان بيان ژن را در سايز بزرگ ژنومي ارايه مي كند. در واقع با بررسي تعداد زيادي ژن در كنار يكديگر انتظار مي رود تغييرات حاصل از بيماري را دقيق تر بتوان در علم بيولوژيك مورد بررسي قرار داد. در اين مطالعه داده هاي حاصل از ماكرواري بيماري لوكميا توسط برنامه DAVID مورد آناليز قرار مي گيرد و هدف آن انجام آناليز هاي عملكردي بر روي ليست هاي ژنومي و پروتيومي كه داده هاي آن ها از مطالعات بيولوژيك با دستگاه هاي پيشرفته(high-throughput) حاصل مي شود. مـــواد و روش هـــا: ســـت ژنـــي مـــاكــــــرواري لـــوكـــمـــيـــا از پـــايــــــگـــاه داده http://www.biomedcentral.com/content/supplementary/1471- به دست آمد و با تجزيه و تحليل يافته ها با نرم افزارهاي بيوانفورماتيكي(DAVID)، ارتباطات بيان ژن در قالب كلاس هاي مختلف ژني، چارت ها و خوشه بندي ژن ها مورد بررسي قرار گرفت. يافته هاي پژوهش: ليست ژن هاي شناسايي شده در ميكرواري با برنامه DAVID تهيه شد. از 615 ژن شناسايي شده ارتباط با كلاس بيماري هاي مختلـــف شناســـايي شد. بيشترين ژن هاي دخيل در بيماري در دسته ژن هايي هستند كه در انواع سرطان ها دخالت دارند. 7/23 درصد ژن هاي شناسايي شده(146 ژن) در بيماري لوكميا در دسته ژن هاي موجود در انواع سرطان ها هستند. از 615 ژن شناسايي شده 70 چارت مسيرهاي بيولوژيكي(موجود در پايگاه داده KEGG) مرتبط با بيماري شناسايي شد. از 615 ژن شناسايي شده 12 كلاستر بر اساس حاشيه نويسي عملكردي مرتبط با بيماري شناسايي شد. بحث و نتيجه گيري: نتايج نشان مي دهد كه برنامه آناليز ژنوم DAVIDقادر است كلاس هاي مهم ژني و مسيرهاي اصلي درگير در بيماري را تعيين نمايد و بهترين كانديدا ماركر ژني براي تشخيص بيماري، علت آن و درمان لوكميا را معرفي نمايد.

Abstract Introduction: Leukemia is a progressive and malignant disease of hematopoietic organs of the body. Genetic abnormalities play an important role in the development of leukemia in the body. Many studies have been accomplished on the molecular factors that involved in the disease. DNA micro-array technology provides a general picture of gene expression in whole genome and applied for the exploring of candidate genes that lead to diseases. In fact, having analy-zed a large number of genes together along with the expected changes provides more closely examination the disease under stu-dy. In the present study, the DNA micro-array data of leukemia disease were analy-zed by bioinformatics software (DAVID). The aim of the study was to functionally analyze the genomic and proteomic lists of data that have been obtained with high-throughput tools during biological studies. Materials & Methods: Microarray leuke-mia gene sets were obtained from the data-base http://www.biomedcentral.com/ cont-ent/supplementary/1471 and analyzed with the bioinformatics software (DAVID). The communication gene expression in different classes, chart and clustered genes were examined. The list of genes was identified by the DAVID analysis program. Findings: A chart consisting of 615 ident-ified genes associated with various diseases was detected. Most genes involved in the disease were those genes that were also involved in cancers. 23.7% of the identified genes (146 genes) were cancer genes. Of 615 genes, 70 charts of the identified biolo-gical pathways (the database KEGG) were associated with the disease. Of 615 genes identified, 12 clusters were associated with the disease based on the functional annot-ation. Discussion & Conclusion: The results sho-wed that the program, DAVID, is capable of analyzing genome. Also, the program was capable to evaluate the main classes of genes and pathways involved in the disease to determine the best candidate gene mark-ers for the diagnosis and treatment of leuk-emia disease.