شناسايي آسينتوباكتر بوماني با استفاده از آناليز محدودگر DNA ريبوزومي تكثيري

Identification of Acinetobacter baumannii via amplified ribosomal DNA restriction analysis

زمينه: Acinetobacter baumanniiپاتوژن بيمارستاني فرصت طلب داراي مقاومت چندگانه است كه مسيول شيوع بيماري در سراسر جهان است. علاوه بر روش‌هاي مرسوم ميكروسكوپي و بيوشيميايي، روش آناليز محدودگر DNA ريبوزومي تكثيري ((Amplified ribosomal DNA restriction, ARDRA براي شناسايي گونه‌هاي ژنومي Acinetobacter آزمايش گرديد. روش ها: در اين مطالعه، آزمون هاي استاندارد بيوشيميايي براي شناسايي جدايه‌ها استفاده شد. گونه ژنومي Acinetobacter با روش ARDRA تاييد شد. محصولاتPCR ژن 16S rDNA با آنزيم‌هاي محدودگر AluI، MboI و HhaI برش داده شدند. يافته ها: نتايج نشان داد كه ARDRAروشي سريع و قابل اعتماد براي شناسايي A. baumannii (گونه ژنومي 2) از گونه هاي ژنومي Acinetobacterاز جمله گونه هاي بسيار نزديك از نظر ژنومي ]گونه هاي ژنومي 1 (A. calcoaceticus)، 2 (A. baumannii)، 3 و 13TU [است. نتيجه‌گيري: نتايج حاصل از اين مطالعه نشان مي‌دهد كه ARDRA با آنزيم هاي محدودگر AluI، MboI و HhaI مي تواند براي شناسايي A. baumannii مورد استفاده قرار گيرد و به‌همين دليل ممكن است به آشكار كردن اهميت اكولوژي و باليني گونه‌هاي مختلف اين جنس كمك كند. از آن‌جا كه ARDRA با استفاده از پرايمرهاي عمومي ژن 16S rDNA انجام مي گيرد انتظار مي‌رود در شناسايي بسياري از گونه هاي باكتريايي مناسب باشد.

Background: Acinetobacter baumannii is a multi-resistant opportunistic nosocomial pathogen responsible for hospital outbreaks worldwide. In addition to common microscopic and biochemical methods, the Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis (ARDRA) was tested to identify Acinetobacter genomic species (DNA groups). Methods: In this study, standard biochemical tests were used for identification of isolates. The genomic species of Acinetobacter spp. was confirmed by Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis (ARDRA). PCR products of 16S rRNA were digested with AluI, MboI and HhaI restriction enzymes. Results: ARDRA proved to be a rapid and reliable method for identification of Acinetobacter baumannii (genome species 2) of the Acinetobacter genomic species, including the closely related genomic species (genomic species 1 (A. calcoaceticus), 2 (A. baumannii), 3, and TU13). Conclusion: The results of this study suggested that ARDRA with AluI, MboI and HhaI restriction enzymes can be used for identi?cationof A. baumannii which may help to elucidate the ecology and clinical significance of different species of this genus. Since ARDRA is performed by universal primers of 16S rDNA gene, it is expected to be applicable to identifying most bacterial species.