عنوان مقاله :
جداسازي و بررسي توالي ژن هماگلوتينين ويروس انفلوانزاي A/H1N1 عامل پاندمي 2009 (جدايه‌ي ايران)
عنوان فرعي :
Isolation and sequence analysis of hemagglutinin gene of Influenza A H1N1 virus from Iranian clinical samples during 2009 pandemic flu
پديد آورندگان :
موسوي، سيده فهيمه نويسنده گروه ويروس‌شناسي، آزمايشگاه تحقيقات انفلوانزا، انستيتو پاستور ايران، تهران Mousavi, Seyyedeh Fahimeh , فتوحي قزويني، فاطمه نويسنده , , يوسفي، آتنا نويسنده گروه ويروس‌شناسي، آزمايشگاه تحقيقات انفلوانزا، انستيتو پاستور ايران، تهران Yousefi, Atena , فرهمند، بهرخ نويسنده , , حيدرچي ، بهناز نويسنده گروه ويروس‌شناسي، آزمايشگاه تحقيقات انفلوانزا، انستيتو پاستور ايران، تهران Heydarchi, Behnaz , توكلي ، رضوان نويسنده , , توسطيخيري ، معصومه نويسنده گروه ويروس‌شناسي، آزمايشگاه تحقيقات انفلوانزا، انستيتو پاستور ايران، تهران Tavassoti Kheiri , Masoomeh
اطلاعات موجودي :
فصلنامه سال 1393 شماره 0
كليدواژه :
gene bank , هماگلوتينين , Hemagglutinin , sequencing , Influenza A , انفلوانزا , Pandemic Flu 2009 , بانك ژن , پاندمي 2009 , توالي يابي
چكيده فارسي :
زمينه: ويروس انفلوانزا پاتوژن تنفسي مهمي است كه سالانه منجر به درصد بالايي از بيماري و مرگ ومير مي‌شود. ويروس جديد A/H1N1 (Novel) كه در سال 2009 جمعيت زيادي از مردم جهان را درگير كرد، از بازآرايي ژنوم سه نوع ويروس انفلوانزاي انساني، خوكي و پرندگان به‌وجود آمده است. با توجه به نقش مهم هماگلوتينين (HA) در عفونت‌زايي ويروس انفلوانزا، تعيين توالي ژنوم اين پروتيين و بررسي تغييرات آن ضروري به‌نظر مي‌رسد. در اين مطالعه ژن HA ويروس A/H1N1 Novel جدايه‌ي ايران جداسازي و بررسي گرديد.
مواد و روش‌ها: در اين مطالعه آزمايشگاهي، ژنوم ويروس از نمونه‌هاي مستقيم بيمار مبتلا به انفلوانزاي Novel AH1N1 كه با روش Real-timePCR و بر پايه پروتكل بين‌المللي در آزمايشگاه تحقيقات انفلوانزاي انستيتو پاستور به تاييد رسيده بودند، استخراج شد و طول كامل ژنوم HA با استفاده از پرايمرهاي اختصاصي به‌روش One step-RT-PCR تكثير يافت. ژنوم تكثير يافته بعد از كلونينگ در ناقل pGEM-T Easy، با آناليز آنزيمي و تعيين توالي تاييد گرديد.
يافته‌ها: طول كامل ژن بيان كننده پروتيين HA به كمك PCR از نمونه‌هاي بيمار جدا شد و پس از الكتروفورز و مشاهده قطعه مورد انتظار 1777 جفت بازي، استخراج از ژل صورت گرفته و سپس در ناقل pGEM-T Easy كلون و تعيين ترادف شد. توالي حاصله با استفاده از نرم‌افزار chromas ويرايش 45/1 مورد بررسي قرار گرفت و نهايتاً با كد دستيابي "1/419001 HQ"در بانك ژني ثبت گرديد.
نتيجه‌گيري: نتايج آناليز نوكليوتيدي نشان داد كه توالي فوق با تمام سكانس‌هاي گزارش شده از سراسر دنيا از جمله سويه توصيه شده براي واكسن مطابقت دارد.
چكيده لاتين :
Background: Influenza virus is a globally important respiratory pathogen causing high degree of morbidity and mortality annually. The novel Influenza virus (A/H1N1) which involved many populations of the world in 2009 is a sort of triple reassortment between swine, bird and human viruses. Given the important role of hemagglutinin in the infectivity of influenza virus, genome sequencing of this protein and investigation of its changes seems necessary.
Material and Method: In this experimental study, the viral genome was extracted from clinical throat swab samples, in which the presence of swine influenza genome has been confirmed by Real-time PCR according to WHO protocol in Influenza Research Lab, Pasteur Institute of Iran. Full-length of HA genome was amplified using specific primers by one step-RT-PCR, cloned into pGEM-T Easy vector followed by identification with restriction enzyme analysis and sequencing.
Results: Full genome of novel influenza A/H1N1 from clinical samples was amplified by PCR and the expected 1777 bp segment PCR product was visualized by electrophoresis, gel purified, cloned into pGEM-TEasy vector and then sequenced. Analysis of sequencing was accomplished by chromas software (version 1.45-Australia) and the nucleotide sequence data was deposited in GenBank database under the accession number: “HQ419001.1”.
Conclusion: The result of sequencing was well-matched with the recommended vaccine strain and other registered sequences in NCBI.
اطلاعات موجودي :
فصلنامه با شماره پیاپی 0 سال 1393
كلمات كليدي :
#تست#آزمون###امتحان
