بررسي ويژگي هاي ماركر D7S496 در پنج قوم ايراني به منظور آناليز پيوستگي ناشنوايي غيرسندروميك

Investigation of D7S496 marker characteristics in five Iranian ethnic groups for linkage analysis of autosomal recessive non syndromic hearing loss

زمينه و هدف: مهم‌ ترين عامل ژنتيكي ايجاد كننده ناشنوايي غير‌ سندرميك با وراثت اتوزومي مغلوب پس از ژن GJB2، جهش‌هاي ژن SLC26A4 هستند كه امروزه در تشخيص‌هاي مولكولي مورد بررسي قرار مي‌گيرند. در اين مطالعه، خصوصيات و اطلاع دهندگي ماركر D7S496 با توالي‌هاي تكراري CA، كه در ناحيه 5 ژن SLC26A4 حضور دارد، در پنج قوم مختلف جمعيت ايراني مورد بررسي قرار گرفت. روش بررسي: در اين مطالعه بنيادي - كاربردي، ژنوتيپ جايگاه‌ ژني ماركر D7S496 در 165 فرد شنواي غير ‌خويشاوند از پنج قوم فارس، آذري، تركمن، گيلك و عرب توسط PCR و سپس ژل الكتروفورز پلي ‌اكريل ‌آميد و در نهايت الكتروفورز فلورسنت مويينه تعيين شد. به منظور تحليل نتايج از نرم‌ افزارهاي GeneMarker HID Human STR Identity، GenePop و Microsatellite Tools استفاده شد. يافته‌ها: بررسي آلل‌هاي ماركر D7S496، نشان‌دهنده وجود 10 آلل در جمعيت ايراني است كه آلل 137 جفت باز با فراواني 52/41% در جمعيت ايراني فراوان ‌ترين آلل به شمار مي‌آيد. هتروزيگوسيتي مشاهده شده در كليه اقوام، تقريباً بالاي 70% است، كه از ميان آن‌ها بالاترين هتروزيگوسيتي متعلق به قوم تركمن به ميزان 8/81% مي‌باشد. در انتها، بررسي مقدار PIC ماركر حاكي از اطلاع دهندگي شديد (Highly Informative) آن در اقوام مورد بررسي جمعيت ايراني مي‌باشد (مقدار PIC بالاتر از 7/0). نتيجه‌گيري: نتايج به دست آمده در اين مطالعه ماركر D7S496 را به شدت اطلاع دهنده در تشخيص‌هاي مولكولي ناشنوايي غيرسندرميك وابسته به SLC26A4 با توارث اتوزومي مغلوب به روش آناليز پيوستگي در جمعيت ايراني معرفي مي‌نمايد.

Background and aims: The most important currently identifiable genetic cause of autosomal recessive non syndromic hearing loss (ARNSHL) after GJB2 mutations are the SLC26A4 gene mutations. In this investigation, the characteristics and informativeness of D7S496 CA repeat STR marker in SLC26A4 gene region was examined in five ethnic groups of the Iranian population. Methods: The locus were genotyped in 165 individuals of five different ethnic groups including Fars, Azari, Turkmen, Gilaki and Arabs using PCR followed by PAGE and fluorescent capillary electrophoresis. In this study, the results were analyzed by GeneMarker HID Human STR Identity software, GenePop program and Microsatellite Tools software. Results: Analysis of the allelic frequency revealed the presence of 10 alleles for D7S496 marker in the Iranian population, which allele 137bp at the D7S496 locus with 41.52% allele frequency was the most frequent. The observed heterozygosity of all ethnic groups was approximately above 70%, which Turkmen ethnic had the highest heterozygosity among all. Finally, analysis of PIC value represents D7S496 marker as a highly informative marker in Iranian population (PIC value above 0.7). Conclusion: Our data introduce D7S496 as a highly informative marker in diagnosis of SLC26A4 based ARNSHL by Linkage analysis.