مطالعه ساختار ژنتيكي جايگاه ژن كالپاستاتين به روش PCR-SSCP و ارتباط آن با صفات رشد

Study on genetic structure of CAST gene by PCR- SSCP method and its association with growth traits in lori-Bakhtiari sheep breed

در اين مطالعه، يك قطعه 254 جفت بازي شامل بخشي از اينترون هاي 5 و 6 و تمام اگزون 6 ژن كالپاستاتين در تعداد 169 راس گوسفندِ شجره دار لري بختياري مربوط به ايستگاه اصلاح نژاد گوسفند لري بختياري (شولي) توسط واكنش هاي زنجيره اي پليمراز تكثير شد. جهت تعيين ژنوتيپ نمونه ها، از روش PCR-SSCP و الكتروفورز عمودي نمونه ها روي ژل اكريل آميد 12% در دماي 4 درجه سانتيگراد و رنگ آميزي ژل به روش نيترات نقره استفاده شد. تعداد 10 الگوي ژنوتيپي شامل AA، BB، AB، AC، AD، BE، AF، AG، AH و AJ به ترتيب با فراواني 029/0، 195/0، 065/0، 166/0، 024/0، 089/0، 325/0، 053/0، 012/0 و 042/0 مشاهده شد. اثر جايگاه ژن كالپاستاتين بر وزن تولد، وزن از شيرگيري و افزايش وزن روزانه از تولد تا از شيرگيري معني دار بود (05/0P < ). براي وزن تولد ژنوتيپ هاي AB و AC و براي وزن از شيرگيري و افزايش وزن روزانه ژنوتيپ هاي AJ و AB، ژنوتيپ هاي مطلوب بودند. به نظر مي رسد در صورت تعيين توالي اين ناحيه ژني و شناسايي SNP هاي احتمالي در پژوهش هاي بعدي و نيز انجام مطالعات ارتباطي روي تعداد بيشتري حيوان، مي توان آلل ها و ژنوتيپ هاي مطلوب اين ناحيه ژني را براي صفات رشد با دقت بسيار زيادي تعيين و در انتخاب به كمك نشانگر استفاده نمود.

In this study, a 254 bp fragment containing exon 6 and a part of introns 5 and 6 of ovine CAST gene were amplified in 169 Lori-Bakhtiari lamb from Lori-Bakhtiari sheep breeding station by polymerase chain reactions. The PCR-SSCP method and vertical electrophoresis of PCR products on 12% acrylamide gel at 4 C? and silver-staining were used for genotyping of amplified fragments. Ten genotypic patterns containing AA, BB, AB, AC, AD, BE, AF, AG, AH and AJ were identified with frequencies of 0.029, 0.195, 0.065, 0.166, 0.024, 0.089, 0.325, 0.053, 0.012 and 0.042, respectively. Association analysis with growth traits demonstrated different genotypes significantly associated with birth weight, weaning weight and daily gain from birth to weaning (P < 0.05). The best genotypes for birth weight were AB and AC and for weaning weight and daily gain were AJ and AB. It seems that sequencing of this gene and identification of probable SNPs in the next projects and also association studies at larger population, can determine favorable alleles and genotypes of CAST gene for growth traits with very high accuracy and use them in Marker Assisted Selection (MAS).