بررسي تنوع ژنتيكي در آويشن گونه Thymus Pubescens براساس نشانگر RAPD

Study of Genetic Diversity of Thymus Pubescens using RAPD Marker

سابقه و هدف: آويشن يكي از بزرگ ترين و معروف ترين جنس هاي خانواده نعناعيان است. گونه هاي آويشن معمولاً به عنوان جوشانده گياهي، ادويه، چاشني غذا و گياه دارويي استفاده مي شوند. گونه Thymus Pubescens اغلب مي تواند در مناطق شمال و غرب ايران رشد كند. توصيف گياهان بوسيله نشانگرهاي مولكولي يك راه كار مطلوب براي اصلاح و حفاظت از منابع ژنتيكي گياهي است. مواد و روش ها: دوازده توده T.Pubescens كه از نواحي مختلف ايران جمع آوري شده بودند، بوسيله 30 آغازگر تصادفي جهت ارزيابي چندشكلي غربال شدند. استخراج DNA ژنومي از نمونه ها بر اساس روش خانوجا و همكاران با كمي تغييرات انجام گرفت. تشابه ژنتيكي بوسيله ضريب تشابه جاكارد محاسبه شد و دندوگرام بوسيله روش UPGMA ترسيم گرديد. يافته ها: از كل آغازگرها، 27 آغازگر انتخاب شده 360 باند توليد كردند كه 273 باند چندشكل بودند. ميانگين تعداد باند براي هر آغازگر 33/13 بود كه 11/10 باند چندشكل بودند. ميانگين محتواي اطلاعات چندشكلي 35/0 برآورد شد. تجزيه كلاستر اطلاعات بوسيله الگوريتم UPGMA و همچنين تجزيه به مولفه هاي اصلي اين 12 توده را به سه گروه عمده تقسيم نمودند. بحث و نتيجه گيري: نتايج نشان داد كه روش RAPD، براي برآورد تنوع ژنتيكي در جمعيت هاي آويشن كوهي مناسب و مفيد است. در مجموع نيم رخ RAPD توده هاي آويشن را براساس توزيع جغرافيايي از همديگر تميز داد.

Aim and Background: Thymus is one of the largest and the most famous genus of Lamiacae.Thymus species are commonly used as herbal tea, condiment, spice and medicinal plants. T.Pubescens mostly can grow in north and west of Iran. Characterization of plants using molecular markers is an ideal approach for improvement and conservation of plant genetic resources. Materials and Methods: A total number of 12 accessions, collected from different localities of Iran, were screened with 30 random primers to evaluate polymorphism. DNA extraction was carried out using Khanoja method with modification. Genetic similarity was estimated using the Jaccard coefficient and dendrogram was constructed using the UPGMA method. Results: The selected 27 primers generated 360 bands, 273 of which were polymorphic. Each primer produced an average 13.33 bands per primer, of which 10.11 were polymorphic. The average of polymorphism information content (PIC) was 0.35. Cluster analysis of data using UPGMA algorithm placed the 12 accessions into three main clusters and the principal component analysis placed the 12 accessions into three groups. Conclusion: Our results indicated that RAPD method is sufficiently informative and powerful to estimate the genetic diversity in T.Pubescens populations. In addition, RAPD profile showed well discrimination of thymus accessions according to their geographical dispersion.