ارزيابي حفاظت در ترادف ژن carD و استفاده از آن در تشخيص سريع مايكوباكتريوم توبركلوزيس

Evaluation of conservation in carD sequence’s gene and its application in rapid detection of Mycobacterium tuberculosis

زمينه: سرعت رشد سلولي مايكوباكتريوم توبركلوزيس وابسته به رونويسي rRNA است كه در مايكوباكتريوم توسط ژن carD كنترل مي-شود. هدف اين تحقيق، ارزيابي حفاظت در ترادف ژن carD و استفاده از آن در تشخيص سريع سويه‌هاي كلينيكي مايكوباكتريوم توبركلوزيس با الگوي مقاومت آنتي بيوتيكي متفاوت است. مواد و روش‌ها: ژنوم تخليص شده 38 سويه باليني مايكوباكتريوم توبركلوزيس با الگوي مقاومت دارويي مختلف انتخاب شدند. پرايمرهاي مورد نظر، با تعيين ژن‌هاي بالادست و پايين دست جهت تكثير كامل ژن carD طراحي و با نرم‌افزارهاي مربوطه ارزيابي شدند. با محاسبه دماي ذوب، دماي اتصال و برنامه PCR تنظيم شد. وجود ژن تكثير شده با كمك الكتروفورز تاييد گرديد. ژن، خالص سازي شده و مورد سكانس (توالي يابي) قرار گرفت. يافته‌ها: بررسي نتايج تعيين توالي نشان داد كه ژن carD در نمونه هاي مختلف كلينيكي و سويه استاندارد، يكسان بوده و الگوي مشابه‌اي دارد. در اين تحقيق مشخص گرديد كه دامين TRCF درمنطقه N ترمينال پروتيين carD در سويه هاي مورد مطالعه كاملاً حفاظت شده است. نتيجه گيري: اين تحقيق، اولين مطالعه روي ژن card در سويه هاي باليني مي باشد. نتيجه سكانس، تعيين كننده وجود حفاظت در اين ژن بود. با توجه به اهميت اين ژن در زندگي باكتري و عدم تغيير در توالي آن، در مطالعات آينده اين ژن به عنوان هدفي مناسب براي تشخيص سريع و نيز طراحي يك مهار كننده ضد ميكوباكتريوم پيشنهاد مي‌گردد.

Background: Mycobacterium tuberculosis growth rate is closely coupled to rRNA transcription which is regulated through CarD gene. The aim of this work was evaluation of conservation in CarD gene’s sequence and its application in rapid detection of Mycobacterium tuberculosis. Materials and Methods: 38 clinical isolates of M. tuberculosis with different types of drug resistance were selected. PCR conditions and annealing temperature were selected by calculating thermal denaturation. Electrophoreses confirmed the presence of the amplified gene. Purified PCR product was sequenced by sequencer. Results: The size of amplified fragment of CarD gene was similar in all samples. By translation of nucleotide mode to amino acids it was found that TRCF domain in N-terminal of protein CarD was e fully conserved. Conclusion: This is the first study on the CarD gene in clinical isolates of MTB. This gene is recommended for use as a target for designing of suitable inhibitors as anti tuberculosis drug because of its importance in life of Mycobacterium Tuberculosis and being a conservative gene.