تعيين توالي ژنوم كامل و فيلوژني جدايه هاي نژاد شديد ويروس پيچيدگي زرد برگ گوجه فرنگي جدا شده از تاتوره Datura stramomum L. در منطقه بجنورد، ايران

Full-length genome sequencing and phylogeny of severe strain isolates of Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV-IL) originating from Datura stramonium L. in Bojnurd region, Iran

ويروس پيچيدگي زرد برگ گوجه فرنگي , TYLCV) Tomato yellow leaf curl virus) به همراه ده گونه ويروسي و نژادهايشان كه به ويروس هاي شبه TYLCV معروفند عامل خسارت به گوجه فرنگي (Solanum lycopersicum L.) در مناطق گرمسير، نيمه گرمسير و معتدل دنيا مي باشند. در اين بررسي تعداد سه جدايه TYLCV-IL از گياهان تاتوره در منطقه بجنورد همسانه سازي و ژنوم كامل آنها تعيين توالي گرديد. توالي اسيد نوكلييك ژنوم كامل آنها به همراه تعداد نه جدايه TYLCV-IL گزارش شده ازايران و هشت توالي ساير ويروس هاي Begomovirus گوجه فرنگي از ايران و ساير مناطق دنيا مورد تجزيه و تحليل قرار گرفتند. نتايج فيلوژني جدايه ها نشان داد كه تكامل جمعيت نژاد TYLCV-IL در ايران وابسته به جغرافيا بوده و صرفنظر از گونه ميزبان واريانت هاي شمال شرق و جنوب ايران به طور مجزا در دو زيرگروه جداگانه قرار گرفتند. جدايه TYLCV-IL[IR:Sh40:07], GUO76444 از منطقه شيراز با هيچكدام از جمعيت هاي شمال شرق و جنوب ايران گروه بندي نشد. اين جدايه با نژاد تيپ TYLCV-IL گزارش شده از فلسطين اشغالي قرابت نزديكي داشته و با يكديگر در يك زير گروه مجزا قرار گرفتند. نتايج تجزيه فيلوژني نشان داد كه اين جدايه از نظر تكاملي به عنوان پل ژنتيكي بين جدايه-هاي TYLCV-IL حوزه مديترانه اي و ايران محسوب مي شود. اين اولين گزارش از گياه تاتوره به عنوان ميزبان نژاد TYLCV-IL در ايران و همچنين حضور اين نژاد ويروسي در منطقه بجنورد و استان خراسان شمالي مي باشد.

Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) and a complex of ten virus species and their strains referred to as TYLCV-like viruses cause damage on tomato (Solanum lycopersicum L.) crops in tropical, subtropical and temperate regions of the world. In this study, full-length genome of three TYLCV-IL isolates originating from Datura stramonium L. in Bojnurd region, Iran were cloned, sequenced and subsequently entered the phylogenetic analysis with nine TYLCV-IL isolates from Iran and eight selected begomoviruses of tomato from Iran and other part of the world. The phylogenetic analysis suggested the geographical-dependent evolution of Iranian TYLCV-IL populations so that regardless of host species the monophyletic group of the northeastern and southern isolates was clustered separately into two subgroups. TYLCV-IL [IR: Sh40:07], GU076444 isolated in Shiraz region was not clustered with none of the Iranian TYLCV-IL isolates but rather was grouped with the type strain of TYLCV-IL from Israel in a separate group. Evolutionally, this isolate could be a “genetic bridge” between Mediterranean and Iranian TYLCV-IL isolates. This is the first report of Datura stramonium L. as the host species of TYLCV-IL in Iran and also the first-time occurrence of the viral stain in North Khorasan province, Bojnurd, Iran.