ارزيابي تنوع ژنتيكي در ارقام برنج با استفاده از نشانگرهاي ريزماهواره

Evaluation of Genetic Diversity in Rice using Microsatellite Markers

به منظور مطالعه تنوع ژنتيكي ژرم‌پلاسم، 74 ژنوتيپ برنج انتخاب شده و با استفاده از 56 جفت آغازگر SSR مورد تجزيه قرار گرفتند. تمامي آغازگرها مناطقي از ژنوم برنج‌ را تكثير نمودند كه در مجموع 399 آلل چندشكل با ميانگين 13/7 آلل به ازاي هر جايگاه ريزماهواره در ژنوتيپ‌ها تكثير شد. نشانگرهاي RM16، RM3355 و RM8006 با 10 آلل بيشترين تعداد آلل را دارا بودند. ميزان اطلاعات چندشكلي براي نشانگرهاي مورد بررسي از 56/0 تا 87/0 با ميانگين 79/0 متغير بود. تجزيه خوشه‌اي براساس ضريب تشابه جاكارد با استفاده از روش UPGMA، تمامي ژنوتيپ‌ها را در چهار گروه قرار داد و درصد صحت گروه‌بندي افراد براساس تابع تشخيص 6/98 درصد بود.

In order to study genetic diversity of rice germplasm, 74 rice genotypes were selected and were analyzed by using 56 SSR primer pairs. All primers were reproduced different regions of the rice genome, which 399 polymorphic alleles with an average of 7.13 were amplified in genotypes for each position of microsatellites. Markers RM16, RM3355 and RM8006 were having the largest number of alleles with 10 alleles. Polymorphism information content (PIC) values of the markers ranged from 0.56 to 0.91 with an average of 0.79 per marker. Cluster analysis placed all genotypes in four groups based on Jaccardʹs similarity coefficient using UPGMA method and the percent of accuracy for cluster analysis based on discriminant analysis, were 98.6%.