استفاده از نشانگرهاي اينترون-اگزون براي ارزيابي تنوع ژنتيكي در دو زيرگونه آويشن دنايي (Thymus daenensis)

Use of intron-exonic marker in assessment of genetic diversity of two subspecies of Thymus daenensis

مطالعه تنوع ژنتيكي در گياهان دارويي از اهداف مهم اصلاحي و تكاملي است. در بررسي حاضر، تنوع ژنتيكي دو زيرگونه آويشن دنايي با استفاده از آغازگرهاي نيمه‌تصادفي اينترون-اگزون مطالعه شد. از 30 آغازگر استفاده شده، 98 درصد چندشكلي از 633 نوار تكثير شده، ايجاد شد. بيشترين محتواي اطلاعات چندشكلي را آغازگرهاي ISJ5 و ISJ9 و كمترين مقدار را IT15-32 به خود اختصاص داد. بيشترين شاخص نشانگر را آغازگر IT10-6 ايجاد كرد. تجزيه واريانس مولكولي بيانگر تنوع در خور توجه درون دو زيرگونه آويشن دنايي نسبت به تنوع بين آنها بود. دندروگرام حاصل از تجزيه خوشه‌اي با روش UPGMA و ضريب تشابه دايس با نرم‌افزار NTSYS توده‌ها را به چهار گروه تقسيم كرد. بيشترين دامنه تشابه ژنتيكي بين دو توده از زيرگونه آويشن دنايي مشاهده شد. دو توده مربوط به استان‌هاي فارس و سمنان نيز هر كدام يك گروه جداگانه را تشكيل دادند. نتايج گروه‌بندي حاصل از داده‌هاي مولكولي با گروه‌بندي تجزيه مختصات اصلي مطابقت داشت. همچنين، گروه‌بندي تجزيه خوشه‌اي توانست تا حدودي دو زيرگونه آويشن دنايي را از يكديگر تفكيك نمايد. نتايج حاصل از اين مطالعه نشان داد كه نشانگرهاي اينترون-اگزون ابزار موثري در بررسي روابط خويشاوندي دو زيرگونه آويشن دنايي بوده است.

Study of genetic diversity in medicinal plant is very important for improvement and evolutionary variations. In this study, assessment of genetic diversity in two subspecies of Thymus daenensis was evaluated, using intron-exonic markers. Thirty primers produced 633 polymorphic bands (98% polymorphism). The highest polymorphic information content (PIC) included ISJ5 and ISJ9 primers and the lowest PIC also included IT15-32 primer. The highest marker index (MI) produced by IT10-6 primer. Results of Analysis of Molecular Variance (AMOVA) showed that intra-sub specific variation was more than inter-sub specific variation. Dendrogram obtained from Cluster analysis, using NTSYS-pc software and UPGMA method based on Diceʹs similarity matrix, divided accessions into 4 groups. The maximum range of genetic similarity was observed between two accessions of sub-species daenensis. Two accessions of Fars and Semnan formed a separate group. Results showed that clustering based on molecular data and principal coordinate analysis had a medium alignment. Grouping based on cluster analysis also could separate two subspecies of Thymus daenensis. Results obtained from this study showed that intron-exonic markers had an effective potential in assessment of genetic relationships between the two sub-species of daenensis.