جهت scaF بررسي بيوانفورماتيكي و آزمايشگاهي ژن جديد شناسايي ايزوله هاي استافيلوكوكوس اورئوس

Bioinformatic and In-vitro Characterization of scaF as a Novel Gene for Identification of Staphylococcus aureus Isolates

سابقه و هدف : با توجه به تنوع ژنومی گونه ها و سويه های استافيلوكوكوس، تشخيص سريع باكتری استافيلوكوكوس اورئوس در نمونه های بالينی برای كاهش انتقال و گسترش اين پاتوژن امری ضروری است. يكی از را ه های تشخيص سريع، انتخاب يكی از ژن های آن جهت شناسايی است . هدف از اين مطالعه، شناسايی ايزوله های استافيلوكوكوس اورئوس با می باشد. scaF استفاده از ژن مواد و روش ها : اين مطالعه در سال 1392 روی 45 ايزوله استافيلوكوكوس اورئوس جدا شده از نمونه های باليني با كمك نرم افزارهای وب مورد بررسی قرار scaF بيمارستان های دانشگاه علوم پزشكی تهران انجام گرفت . ابتدا ژن گرفت. در ادامه با كمك روش های بيوشيميايی و آزمون های تشخيصی، ايزوله های استافيلوكوكوس اورئوس مورد تائيد با واكنش زنجيره ای پليمراز و پرايمرهای اختصاصی در اين ايزول ه ها scaF ژنومی، ژن DNA قرار گرفتند . متعاقب استخراج توسط روش ژل الكتروفورز مورد بررسی قرار گرفتند. polymerase chainreaction(PCR) تكثير يافت. نتايج حاصل از مثبت گرديد . بررسی بيوانفورماتيك نشان داد كه اين ژن، ،scaF يافته ها : در همه ايزوله های مورد مطالعه وجود ژن 6می باشد . / پروتئينی به وزن مولكولی 33 كيلودالتون را كد كرده كه دارای 297 اسيدآمينه است و نقطه ايزوالكتريك آن 3 تاكنون اين پروتئين مورد بررسی آزمايشگاهی قرار نگرفته است. بوده كه در سويه های Staphylococcal conserved antigens متعلق به خانواده ژنی scaF استنتاج: ژن حفاظت شده می باشد. علاوه بر اين، به علت عدم وجود ژن ،JCVI استافيلوكوكوس اورئوس ثبت شده در پايگاه اطلاعاتي مشابه در استافيلوكوكوس اپيدرميديس و ساير گونه ها می توان از آن برای تشخيص استافيلوكوكوس اورئوس در عفون تها استفاده كرد.

Background and purpose: Rapid detection of Staphylococcus aureus in clinical specimens is essential to minimize the transfer and spread of this pathogen. An appropriate method for rapid and suitable detection of S. aureus is detection of one of its genes. The aim of this study was to identify the S. aureus using scaF gene. Material and Methods: The study was conducted on 45 isolates of S. aureus separated from clinical specimens of patients who referred to hospitals affiliated with Tehran University of Medical Sciences in 2013. At first, scaF gene was analyzed by bioinformatic tools. S.aureus isolates were confirmed using biochemical and diagnostic tests. Following DNA extraction, scaF gene was amplified by polymerase chain reaction using gene-specific primers. The results of PCR were examined by gel electrophoresis. Results: The scaF gene was present in all studied isolates. Bioinformatics evaluation revealed that this gene encodes a protein with a molecular weight of 33kDa and contains 297amino acids with a PI value of 6.3. Conclusion: The scaF gene belongs to Staphylococcal conserved antigen family which is conserved in S. aureus strains recorded in JCVI database. Furthermore, due to lack of the same gene in Staphylococcus epidermidis and other species, it could be used for detection of S. aureus infections.