بررسي تنوع ژنتيكي ماركر rs438601در جمعيت اصفهان: يك ماركر آگاهي‌دهنده در تشخيص‌هاي مولكولي هموفيلي B

Genetic variation of rs438601 marker in the Iranian Population: An informative marker for molecular diagnosis of hemophilia B

مقدمه: هموفيلی B يك بيماری ژنتيكی خونريزی‌ دهنده‌ مغلوب وابسته ‌به‌ جنس ناشی از جهش در ژن فاكتور IX انعقادی است. جهش‌ها در ژن فاكتور IX باعث ناكارآمدی يا عملكرد نادرست فاكتور IX انعقادی می‌شوند. روش ايده‌آل برای تشخيص مولكولی اين بيماری آناليز مستقيم جهش‌های ژنی است. اما با توجه به تعداد بالای جهش‌های شناسايی شده در ژن مزبور، مشخص نبودن طيف جهش‌های شايع آن، اندازه بزرگ ژن و طبيعت ناهمگن جهش‌ها، آناليز مستقيم جهش بسيار وقت‌گير و پرهزينه است. بنابراين بررسی غيرمستقيم جهش‌ها با روش آناليز پيوستگی با استفاده از ماركرهای چندشكلی در ناحيه ژنی فاكتور IX گزينه مناسبی در تشخيص پيش از تولد و تشخيص ناقلين هموفيلی B می‌باشد. روش بررسی: در اين مطالعه ماركر چند‌شكلی تك‌نوكلئوتيدی rs438601 در اينترون 3 ژن فاكتور IX با روشTetra-primer ARMS-PCR با پرايمرهای اختصاصی جديداً طراحی شده در 142 زن كنترل غيرخويشاوند در جمعيت اصفهان تعيين ژنوتيپ شد. سپس از نرم‌افزارGENEPOP برای تعيين فراوانی آللی و درصد هتروزيگوسيتی و از آزمون χ2 برای بررسی تعادل هاردی-وينبرگ استفاده شد. نتايج: فراوانی آللی برای آلل‌های C و G به ترتيب 83/71% و 17/28% محاسبه شد. هتروزيگوسيتی مشاهده شده 52/53% می‌باشد. بررسی تعادل هاردی-وينبرگ نشان می‌دهد كه جمعيت اصفهان برای ماركر rs438601 در تعادل است. نتيجه‌گيری: نتايج نشان دادند كه ماركر rs438601 به علت هتروزيگوسيتی بالا می‌تواند به عنوان ماركر تشخيصی مناسب برای آناليز پيوستگی و شناسايی ناقلين هموفيلی B در نمونه‌ای از جمعيت ايرانی معرفی شود.

Introduction: Hemophilia B is an X-linked recessive genetic disease caused by mutations in the coagulation Factor IX gene. Mutations in the Factor IX gene result in dysfunction or deficiency of coagulation factor of IX. Direct mutation analysis involves the ideal method for molecular diagnosis of the disease. However, due to the high number of identified mutations in the gen, the lack of a common mutation spectrum, the large size of the gene, and the heterogeneous nature of its mutations, direct mutation analysis is regarded expensive and time-consuming. Alternatively, indirect investigation of the mutations by use of linkage analysis applying polymorphic markers present in the factor IX gene region could be considered as an appropriate approach for prenatal diagnosis and carrier detection of haemophilia B. Methods: In the present study the single nucleotide polymorphic marker rs438601 in the intron 3 of factor IX gene was genotyped by Tetra-primer ARMS-PCR method with newly desingd specific primers on 142 unrelated control females in the Isfahan (a city in Iran) population. Then the allele frequency and degree of heterozygosity were estimated utilizing GENEPOP program. Moreover, χ2 test was applied in order to investigate the Hardy-Weinberg equilibrium. Results: Allele frequency was reported as 71.83% and 28.17%, respectively for C and G alleles. Observed heterozygosity was 53.52% and Analysis of deviations from Hardy-Weinberg equilibrium demonstrated that the Isfahanian population were in equilibrium for rs438601 marker. Conclusion: The study findings demonstrated that rs438601 marker due to high heterozygosity could be suggested as an appropriate diagnostic marker in linkage analysis and carrier detection of hemophilia B in regard with a sample of Iranian population.