شناسايي آلل‌هاي خود ناسازگاري در ارقام بادام ايراني به روش توالي‌يابي

Identification of Self-Incompatibility Alleles in Iranian Almond Cultivars Using Sequencing

شناسايي آلل‌هاي خودناسازگاري در ارقام بادام (Prunus dulcis) اهميت زيادي در احداث باغ‌هاي جديد و انتخاب والدين در برنامه‌هاي به‌نژادي بادام دارد. به منظور شناسايي آلل‌هاي جديد ناسازگاري در چند رقم بادام ايراني، قطعات مربوط به هر آلل تكثير و محصول PCR آن‌ها خالص‌سازي شد. براي همسانه‌سازي از ناقل PCR-Blunt-II-TOPO استفاده شد. ناقل به باكتري‌هاي مستعد Escherichia coli TOP 10 منتقل و كلوني‌هاي تراريزش شده شناسايي شدند.DNA پلاسميدي استخراج و توالي‌يابي با استفاده از آغازگرهاي M13 توسط دستگاه SECUGEN انجام شد. نهايتاً توالي حاصل از اين پلاسميدها مقايسه و توالي ثابت مربوط به هر آلل با نرم‌افزار SEQMAN II تعييين شد. براساس نتايج اين تحقيق، تعداد هشت آلل در ارقام بادام ايراني شامل ارقام تجاري (S36)، هلويي (S37)، سفيد (S38)، يزد-17 (S39 و S40)، مشهد 40 (S41)، جي-آر-16 (S42) و مامايي (S43) شناسايي شدند. هفت آلل از مجموع هشت آلل شناسايي شده، قبلا گزارش نشده است، ولي يكي از آلل‌ها (S40) شباهت زيادي با آلل ناسازگاري (S5) گزارش شده در گونه P. webbii داشت. شباهت بين آلل‌هاي خودناسازگاري در بادام اهلي با گونه وحشي P. webbii به وجود يك جد مشترك با گونه‌هاي جنس پرونوس و نقش اين گونه در تكامل بادام‌هاي اهلي به عنوان يكي از اجداد اوليه اشاره دارد.

Identification of self-incompatibility alleles in almond (Prunus dulcis) is a very useful tool for orchard design and for choosing parents in breeding programmes. In order to identify the new S-RNases in some Iranian almond cultivars, each allele fragment was amplified and PCR products were purified. The vector PCR-Blunt-II-TOPO was used for cloning. Constructs were transformed into chemically competent Escherichia coli TOP 10 cells and positive transformants were identified. Plasmids were isolated from positive colonies and sequenced by SECUGEN using M13 primers and then a consensus sequence was obtained for each allele with SeqManII software. The results identified eight alleles in the Iranian almond cultivars including Tejari (S36), Holouei (S37), Sefid (S38), Yazd-17 (S39 and S40), Mashhad 40 (S41), G-R-16 (S42) and Mamaei (S43). Seven of these alleles have not previously been reported in Prunus species, while one of alleles (S40) was similar to that (S5) identified before in an accession of the wild species Prunus webbii. The similarity between self-incompatibility alleles in cultivated almond wild species of Prunus webbii points out the existence of a common ancestor with other Prunus species and also a possible introgression with P. webbii as a primary ancestors in almond evolution