مطالعه تنوع ژنتيكي جدايه هاي باليني مايكوباكتريوم فورچوييتوم بر اساس تكنيك RAPD-PCR

Investigation of genetic diversity of Mycobacterium fortuitum clinical isolated by RAPD-PCR

سابقه و هدف: امروزه مايكوباكتريوم هاي غيرتوبركلوزي (NTM)، به دليل افزايش شيوع بيماري زايي و ظهور مقاومت هاي آنتي بيوتيكي اهميت فراوان يافته اند. رايج ترين مايكوباكتريوم غيرسلي در ايران ، مايكوباكتريوم فورچوييتوم مي باشد. اين مطالعه با هدف شناسايي مولكولي و بررسي تنوع ژنتيكي در ميان جدايه هاي باليني مايكوباكتريوم فورچوييتوم در ايران با استفاده از روش RAPD-PCR انجام شد. مواد و روش ها: اين مطالعه به صورت مقطعي- توصيفي بر روي 81 ايزوله NTM جداسازي شده از نمونه هاي مختلف باليني انجام شد. به منظور شناسايي اوليه مايكوباكتريوم فورچوييتوم از رنگ آميزي اسيدفست و تست هاي رايج بيوشيميايي استفاده گرديد. جدايه ها با روش PCR تاييد شدند و محصولات PCR به وسيله 3 آنزيم برش دهنده AvaII، HphI وHpaII هضم گرديدند. در نهايت تيپ بندي مولكولي جدايه هاي مايكوباكتريوم فورچوييتوم به كمك آناليز RAPD انجام شد. يافته ها: از مجموع 81 ايزوله NTM بررسي شده، 36 سويه به عنوان مايكوباكتريوم فورچوييتوم شناسايي شدند. اين سويه ها بر اساس پرايمرهاي RAPD در 10 خوشه اصلي قرار گرفتند. بيشتر جدايه ها در رپيد تايپ 1 (9 عضو ، 25%)، 2 (8 عضو ، 2/22%) و 6 (6 عضو ، 6/16%) طبقه بندي شدند. در آناليز رپيد، قطعه اصلي 300 جفت بازي (4/94%) و پس از آن قطعه 1000 جفت بازي (6/66%) وجود داشت. نتيجه گيري: نتايج مطالعه حاضر، قدرت تمايزي بالاي RAPD-PCR را نشان مي دهد. اين آناليز مي تواند تنوع ژنتيكي و اطلاعات اپيدميولوژيكي را در مورد جدايه هاي مايكوباكتريوم فورچوييتوم ارايه دهد. آناليز RAPD ساده، سريع، ارزان و پيچيدگي كمتري نسبت به ساير روش هاي تيپ بندي مولكولي دارد.

Background and Objectives: Non-tuberculosis Mycobacteria (NTM) are important due to increase in the rate of clinical outbreaks and emerging antibiotic resistance. Mycobacterium fortuitum is the most common NTMs in Iran. This study was aimed to molecular detection and genetic diversity of clinical isolates of M. foruitum in Iran using RAPD-PCR method. Materials and Methods: This cross-sectional study was carried out on 81 isolates of NTM isolated from various clinical samples. The primary identification of M. fortuitum was performed based on Acid Fast staining and routine biochemical tests. After confirmation of the isolates based on PCR, the PCR products were digested with AvaII, HphI and HpaII. The molecular typing of the M. fortuitum isolates were performed using PAPD analysis. Results: Out of 81 tested NTM, 36 strains were confirmed as M. fortuitum. Based on RAPD primers, these isolates were classified into 10 main clusters. Most of the isolates were distributed into RAPD types of 1 (9 members, 25%), 2 (8 members, 22.2%) and 6 (6 members, 16.6%). In RAPD analysis, the major fragments were 300 bp (94.4%), followed by fragment 1000 bp (66.6%). Conclusion: The results showed high discriminatory ability of RAPD–PCR method. This analysis is able to sufficiently discriminate the genotypic diversity and to prepare epidemiologic information of the M. fortuitum isolates. RAPD techniques is simple, rapid, inexpensive, and is less complicated than most of other molecular typing methods.