بررسي تنوع ژنتيكي ماهي قزل آلاي رنگين كمان با استفاده از نشانگرهاي ريزماهواره در مزارع پرورشي ايران

Genetic variation in farmed population of Rainbow trout (Onchorhynchus mykiss) based on microsatellite markers in Iran

تعداد 64 نمونه از ماهي قزل الا (Onchorhynchus mykiss) از 3 مزرعه از استانهاي مختلف كشور جمع آوري گرديد. از هر نمونه 2 تا 3 گرم از باله دمي بريده و پس از تثبيت در الكل اتانول مطلق به آزمايشگاه منتقل گرديد. DNA ژنومي نمونه‌ها از بافت نرم باله ماهي به روش فنل- كلروفرم استخراج و سپس كميت و كيفيت DNA استخراج شده با استفاده از اسپكتروفتومتر و الكتروفورز ژل آگارز 1 درصد تعيين شد. واكنش PCR با استفاده از 8 جفت پرايمر ريزماهواره انجام گرفت. محصول PCR با استفاده از ژل پلي آكريل آميد 6 درصد الكتروفورز و با نيترات نقره رنگ آميزي شد. مقادير مربوط به تعداد آللهاي واقعي و موثر، هتروزيگوسيتي مشاهده شده و مورد انتظار، شاخص شانون، تعادل هاردي- واينبرگ، مقادير FST بر اساس تست AMOVA با استفاده از نرم افزار ژنتيكي Gene Alex و Popgene محاسبه گرديد. نتايج بدست آمده از اين بررسي نشان مي‌دهد كه 8 جفت پرايمر ميكروستلايتي بررسي شده، پلي‌مورف بودند. در مجموع اللهاي شناسايي شده در محدوده اندازه بين 280-64 جفت باز بوده است. جايگاه OtsG 249 با 9 آلل داراي بيشترين آلل و جايگاه OtsG 432 و OtsG 474 با 2 آلل داراي كمترين تعداد آلل بود. همچنين هتروزيگوسيتي مشاهده شده (Ho) در جايگاههاي هشت گانه بين 869/0 تا 916/0 بود. در بررسي تعادل هاردي- واينبرگ در بيشتر جايگاههاي مورد بررسي انحراف از تعادل هاردي– واينبرگ را مشاهده شد . نتايج بدست آمده از FST نشان مي‌دهد كه حداكثر و حداقل آن به ترتيب 079/0 بين نمونه‌هاي منطقه تهران - ياسوج و 041/0بين نمونه‌هاي مزرعه همدان - ياسوج مشاهده مي با‌شد. براساس نتايج حاصل از تست AMOVA بين تمام مزارع با يكديگر اختلاف معني دار مشاهده مي شود. با توجه به داده هاي حاصل از بررسي حاضر، تنوع ژنتيكي بدست آمده در مزارع پرورشي ماهي قزل الا در سه استان قابل توجه بوده و مي تواند به عنوان مطالعه پايه در ايجاد جمعيت پايه در برنامه هاي اصلاح نژادي كمك نمايد.

A total of 64 specimens of rainbow trout (Onchorhynchus mykiss) from 3 different regions in Iran were collected. About 2-3 g of caudal fin samples were removed from each specimen and preserved in absolute ethyl alcohol and transferred to the genetic laboratory. Genomic DNA was extracted using the phenol-chloroform method and then DNA content and quality was determined using spectrophotometry and agarose gel electrophoresis, respectively. Polymerase Chain Reaction (PCR) of genomic DNA fin samples was carried out using 8 pairs of microsatellite primers. All PCR products were electrophoresed on 6% polyacrylamide gel and stained with silver nitrate. Following the scoring of alleles, all parameters including effective number of alleles, observed and expected heterozygosity, shanon index, Hardy-Weinberg equilibrium test and FST were calculated using AMOVA analysis in the GenAlex and Popgene programs. The results showed that 8 pairs of microsatellite primers were polymorphic. In total, alleles were determined with the range size of 64-280 bp. The locus OtsG 249 had maximum number of allele (9) and loci OtsG 432 and OtsG 474 had minimum number of allele (2). The observed heterozygosity was between 0.869 and 0.916. Hardy-Weinberg departure was observed for most loci from all farms and were disequilibrium. The Fst results showed that maximum FST (0.079) were between farms in Tehran and Yasuj and minimum (0.041) were between farms in Hamadan and Yasuj. Based on the results of AMOVA analysis, significant differences were detected between all farms. The results suggest that the unique genetic variation of rainbow trout in hatchery farms of Iran represents a highly valuable genetic resource and provide useful information for creating a based population in the future breeding programs.