تشخيص افتراقي ساب تايپ‌هاي مختلف ويروس آنفلوانزا تايپ A با استفاده از روش RT-PCR-RFLP

Differential diagnosis of various subtypes of influenza type A virus using RT-PCR-RFLP assay

چكيده زمينه و هدف: ويروس آنفلوانزاي تايپ A يكي از مهم‌ترين عوامل ويروسي بيماري‌هاي تنفسي است. تغييرات ژنتيكي اين ويروس باعث بروزاپيدمي‌هاي جديد در سرتاسر دنيا مي‌شود. از اين رو وجود يك تكنيك تشخيصي دقيق به منظور تشخيص سريع سويه‌هاي در حال گردش ضروري مي‌باشد. اين مطالعه با هدف به كارگيري يك روش سريع جهت افتراق ساب تايپ‌هاي ويروس آنفلوانزا تايپ A انجام گرفت. مواد و روش‌ها: در اين مطالعه تجربي واكنش RT-PCR با استفاده از جفت پرايمر اختصاصي ژن ماتريكس بر روي ساب تايپ‌هاي H1N1، H3N2، H5N1 و H9N2ويروس آنفلوانزا انجام شد. سپس محصول PCR تحت تاثير هضم آنزيمي آنزيم‌هاي آندونوكلياز اختصاصي هر ساب تايپ قرار گرفت. يافته‌ها: نتايج به دست آمده از واكنش RT-PCR نشان داد كه جفت پرايمر مربوط به ژن ماتريكس كاملا اختصاصي بوده و قادر به تكثير كليه ساب تايپ‌هاي مورد مطالعه مي‌باشد. هم‌چنين در اثر واكنش هضم آنزيمي بر روي قطعات تكثير يافته از ژن ماتريكس مربوط به ساب تايپ‌هاي مختلف، الگوي‌هاي متفاوتي بر اساس طول قطعات(RFLP) به دست آمد. نتيجه‌گيري: واكنش RT-PCR ويروس آنفلوآنزا به همراه RFLP بر اساس ژن ماتريكس مي‌تواند روش مناسبي جهت شناسايي ساب تايپ‌هاي مورد مطالعه ويروس آنفلوانزاي تايپ A باشد. واژگان كليدي: تشخيص افتراقي، ويروس آنفلونزاي تيپA، واكنش زنجيرهاي پلي مراز، RFLP

Abstract Background: Influenza type A virus is one of the most important viral agents in human respiratory diseases. The genetic variability of the influenza viruses leads to the incidence of new epidemics worldwide. Hence, there is a growing need for rapid and effective new methods capable of detection and differentiation of influenza virus circulating strains. This study was done to develop a method for rapid differentiation of the subtypes of influenza type A virus. Materials and Methods: In this experimental study, reverse-transcription and polymerase chain reaction (RT-PCR) were performed using a primer set based on M gene of H1N1, H3N2, H5N1, and H9N2 influenza subtypes. Then the amplified fragments were subjected to digestion using subtype specific restriction endonuclease enzymes. Results: The results of PCR reaction showed that the primer pair of the M gene was specific and capable of amplifying all influenza subtypes understudy. Also, different restriction fragment length polymorphism patterns (RFLP) were generated using enzyme digestion reaction on the amplified segment of M gene. Conclusion: RT-PCR and RFLP analysis of the M gene can be employed as a useful method for differentiating influenza virus subtypes. Keywords: Differential diagnosis, influenza type A virus, polymerase chain reaction, RFLP