مقايسه حساسيت پرايمرهاي مختلف اختصاصي ناحيه 16srDNAدر شناسايي گونه‌هاي باكتري لژيونلا در نمونه‌هاي آبي

Sensitivity Comparison of Different 16s rDNA- Specific Primers for Detection of Legionella Species in Aquatic Samples

زمينه و هدف: لژيونلاها باكتری‌های گرم منفی هستند كه درمنابع آبی طبيعی و ساخت انسان پراكنده‌اند. بعضی از گونه‌های اين باكتری برای انسان بيماری‌زا بوده و می‌توانند منجر به عفونت‌های تنفسی شوند. روش كشت روشی روتين در شناسايی باكتری لژيونلا به شمار می‌رود اما به دليل محدوديت‌های اين روش از جمله حساسيت پايين و مدت زمان طولانی مورد نياز برای دستيابی به نتايج، امروزه تكنيك واكنش زنجيره‌ای پليمراز (PCR) جهت شناسايی باكتری لژيونلا مورد استفاده قرار می‌گيرد. مطالعه حاضر به منظور ارزيابی كاربرد روش PCR در شناسايی لژيونلا در نمونه‌های آبی با سه جفت پرايمر متفاوت انجام گرفت. روش بررسی: در اين مطالعه 60 نمونه آب جهت حضور لژيونلا با استفاده از روش Nested PCR مورد بررسی قرار گرفت و حساسيت اين روش با استفاده از سه جفت پرايمر مختلف شامل (LEG225- LEG858) ، (LEG448-LEG858) و (JRP-LEG448)جهت شناسايی لژيونلا ارزيابی گرديد. يافته‌ها: در اين مطالعه70% نمونه‌ها درصورت استفاده از جفت پرايمر JRP-LEG448 آلوده به لژيونلا تشخيص داده شدند در صورتی كه  با استفاده از جفت پرايمرLEG225- LEG858،05% نمونه‌ها وبا استفاده از جفت پرايمر LEG448-LEG858، 54 % نمونه‌ها آلوده به لژيونلا گزارش شدند. نتيجه گيری: نتايج حاصل از مطالعه حاضر نشان داد كه آلودگی نمونه‌های آبی به گونه‌های لژيونلا می‌تواند به راحتی و به سرعت به وسيله روش Nested PCR تشخيص داده شود. بنابراين انتخاب روش مناسب جهت استخراج DNA و انتخاب پرايمرهای مناسب، عوامل مهم در كارايی و حساسيت روش تشخيص هستند.

Background and Objectives: Legionella are gram-negative bacteria widely dispersed in natural and man-made water sources. Some Legionella species are pathogenic and could cause respiratory infections. Cultivation technique is the conventional method for the detection of Legionella spp. in aquatic samples. However, the method has low sensitivity and require prolonged incubation period. Therefore, Polymerase chain reaction (PCR) as a rapid method with extreme sensitivity is used. The present study was designed to evaluate the feasibility and sensitivity of PCR method for detection of Legionellas pp. in aquatic samples using three sets of primers.Materials and Methods: In this study, 60 water samples were investigated for the presence of Legionella species using Nested- PCR technique. The sensitivity of this technique was evaluated for the detection of Legionella species in aquatic samples using three primer sets, including (LEG225-LEG858), (LEG448-LEG858), and (LEG448-JRP).Results: The nested PCR assay revealed that detection percentage of Legionella in samples was 70 when LEG448-JRP primers were used, whereas this percentage reduced to 50 and 45 when we applied prime sets of LEG225-LEG858 and LEG448 - LEG858, respectively.Conclusion: The results of the study showed that contamination of aquatic samples to the Legionella spp. could be easily and rapidly detected by nested PCR. However, selecting appropriate method for DNA extraction and choosing the primers are important factors in efficiency and sensitivity of detection method.